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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zs6 | |||||||||
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タイトル | HA3 subcomponent of botulinum type C progenitor toxin | |||||||||
要素 | (Hemagglutinin components HA3) x 2 | |||||||||
キーワード | TOXIN / LECTIN / HEMAGGLUTININ / BOTULINUM TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Nakamura, T. / Tonozuka, T. / Kotani, M. / Oguma, K. / Nishikawa, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Crystal Structure of the HA3 Subcomponent of Clostridium botulinum Type C Progenitor Toxin 著者: Nakamura, T. / Kotani, M. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Oguma, K. / Nishikawa, A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Sugar-binding sites of the HA1 subcomponent of Clostridium botulinum type C progenitor toxin. 著者: Nakamura, T. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Yuzawa, T. / Oguma, K. / Nishikawa, A. #2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2007 タイトル: Binding properties of Clostridium botulinum type C progenitor toxin to mucins. 著者: Nakamura, T. / Takada, N. / Tonozuka, T. / Sakano, Y. / Oguma, K. / Nishikawa, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zs6.cif.gz | 137 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zs6.ent.gz | 105.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zs6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/2zs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/2zs6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23955.641 Da / 分子数: 1 / 断片: HA3a / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 株: type C / プラスミド: pMAL-cRI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46085 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 47333.520 Da / 分子数: 1 / 断片: HA3b / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 株: type C / プラスミド: pMAL-cRI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46085 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.2961 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.77536 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 1.2M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 44256 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 50.9 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rsym value: 0.057 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: A ROUGH MODEL BUILED BY MAD DATA SET 解像度: 2.6→47 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2346465.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7214 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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