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- PDB-2zqk: Crystal structure of intimin-Tir68 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zqk
タイトルCrystal structure of intimin-Tir68 complex
要素
  • Intimin
  • Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)
キーワードCELL ADHESION / protein-protein complex / unique intimin-Tir trimer intermediate / Cell membrane / Cell outer membrane / Membrane / Transmembrane / Virulence / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Translocated Intimin Receptor; Chain T / Translocated intimin receptor, central domain / Translocated intimin receptor, central domain / Translocated intimin receptor, N-terminal / Translocated intimin receptor / Translocated intimin receptor, C-terminal / Translocated intimin receptor, central domain superfamily / Translocated intimin receptor (Tir) intimin-binding domain / Translocated intimin receptor (Tir) C-terminus / Translocated intimin receptor (Tir) N-terminus ...Translocated Intimin Receptor; Chain T / Translocated intimin receptor, central domain / Translocated intimin receptor, central domain / Translocated intimin receptor, N-terminal / Translocated intimin receptor / Translocated intimin receptor, C-terminal / Translocated intimin receptor, central domain superfamily / Translocated intimin receptor (Tir) intimin-binding domain / Translocated intimin receptor (Tir) C-terminus / Translocated intimin receptor (Tir) N-terminus / Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Immunoglobulin-like - #1080 / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intimin / Translocated intimin receptor Tir
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ma, Y. / Gao, F. / Li, D.-F. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural insight into the interaction between intimin and Tir of enterohaemorrhagic E coli: evidence for a dynamic sequential clustering-aggregating-reticulating model
著者: Ma, Y. / Zou, Q. / Gao, G.F.
履歴
登録2008年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intimin
M: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)
N: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)
B: Intimin
C: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)
D: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9626
ポリマ－74,9626
非ポリマー00
水00
1
A: Intimin
M: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)
N: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4813
ポリマ－37,4813
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intimin
C: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)
D: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4813
ポリマ－37,4813
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Intimin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6731
ポリマ－20,6731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Intimin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6731
ポリマ－20,6731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
M: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)
N: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8082
ポリマ－16,8082
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8040 Å2
手法PISA
6
C: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)
D: Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8082
ポリマ－16,8082
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.680, 42.310, 182.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Intimin / Attaching and effacing protein / Eae protein / Gamma-intimin


分子量: 20673.098 Da / 分子数: 2 / 断片: D2-D3 domain, UNP residues 747-934 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: inserted into NdeI and XhoI restrict enzyme sites / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: intimin adherence protein 747-934 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43261
#2: タンパク質
Putative translocated intimin receptor protein (Translocated intimin receptor Tir)


分子量: 8404.049 Da / 分子数: 4 / 断片: IBD domain, UNP residues 269-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: inserted into NdeI and XhoI restrict enzyme sites / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: Tir 269-336 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7DB77
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M HEPES sodium, 2% v/v PEG 400, 2.0M Ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 22064 / Num. obs: 20419 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 1370 / Rsym value: 0.184 / % possible all: 65.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F02

1f02


解像度: 2.8→34.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1973 -RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 20136 91.3 %-
all-22064 --
溶媒の処理Bsol: 20.79 Å2
原子変位パラメータBiso max: 163.62 Å2 / Biso mean: 75.428 Å2 / Biso min: 10.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.903 Å20 Å2-11.944 Å2
2--41.003 Å20 Å2
3----41.906 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4739 0 0 0 4739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.376
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.029
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 212 -
Rwork0.382 --
obs-2196 66.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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