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- PDB-3fav: Structure of the CFP10-ESAT6 complex from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fav
タイトルStructure of the CFP10-ESAT6 complex from Mycobacterium tuberculosis
要素
  • 6 kDa early secretory antigenic target
  • ESAT-6-like protein esxB
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex / Operon structure / Four-helical-bundle / Coiled-coil / WXG-motif / Mycobacterium tuberculosis / secreted / secretion system / adaptor protein / proposed virulent factor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / protein secretion by the type VII secretion system / symbiont-mediated perturbation of host signal transduction pathway / Manipulation of host energy metabolism / : / host cell surface binding / host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan-based cell wall ...symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / protein secretion by the type VII secretion system / symbiont-mediated perturbation of host signal transduction pathway / Manipulation of host energy metabolism / : / host cell surface binding / host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan-based cell wall / Modulation by Mtb of host immune system / host cell surface / host cell plasma membrane / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / 6 kDa early secretory antigenic target / ESAT-6-like protein EsxB / ESAT-6-like protein EsxB / 6 kDa early secretory antigenic target
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Poulsen, C. / Holton, S.J. / Wilmanns, M. / Song, Y.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: WXG100 protein superfamily consists of three subfamilies and exhibits an alpha-helical C-terminal conserved residue pattern.
著者: Poulsen, C. / Panjikar, S. / Holton, S.J. / Wilmanns, M. / Song, Y.H.
履歴
登録2008年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESAT-6-like protein esxB
B: 6 kDa early secretory antigenic target
C: ESAT-6-like protein esxB
D: 6 kDa early secretory antigenic target
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,83012
ポリマ－41,3034
非ポリマー5278
水5,549308
1
A: ESAT-6-like protein esxB
B: 6 kDa early secretory antigenic target
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9827
ポリマ－20,6512
非ポリマー3315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
2
C: ESAT-6-like protein esxB
D: 6 kDa early secretory antigenic target
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8485
ポリマ－20,6512
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area8840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.340, 23.930, 83.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-96-

ZN

21B-215-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ESAT-6-like protein esxB / CFP-10 / 10 kDa culture filtrate antigen cfp10 / Secreted antigenic protein MTSA-10


分子量: 10873.819 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contained the entire protein encoding region of the CFP10-ESAT6 operon including its intergenic region
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: esxB / Plasmid details: modified pSD26 vector / プラスミド: pMyNT / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2 155 / 参照: UniProt: P0A566, UniProt: P9WNK5*PLUS
#2: タンパク質 6 kDa early secretory antigenic target / ESAT-6


分子量: 9777.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contained the entire protein encoding region of the CFP10-ESAT6 operon including its intergenic region
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: esxA / Plasmid details: modified pSD26 vector / プラスミド: pMyNT / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2 155 / 参照: UniProt: P0A564, UniProt: P9WNK7*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.66 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 33% (v/v) PEG 600, 200mM zinc acetate, 100mM imidazol pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. all: 18161 / Num. obs: 17336 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.35 % / Biso Wilson estimate: 30.407 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. measured obs: 2149 / Num. unique all: 1333 / Num. unique obs: 978 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 73.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WA8

1wa8


解像度: 2.15→19.858 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.847 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 844 5.03 %Random
Rwork0.199 ---
all-16786 --
obs-16786 93.25 %-
溶媒の処理Bsol: 61.173 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 166.54 Å2 / Biso mean: 30.573 Å2 / Biso min: 11.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.253 Å20 Å20.645 Å2
2--4.299 Å2-0 Å2
3---6.953 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 0 12 308 2640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.342
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2.15-2.1730.209360X-RAY DIFFRACTION3263
2.173-2.1970.244348X-RAY DIFFRACTION3265
2.197-2.2220.218362X-RAY DIFFRACTION3270
2.222-2.2480.197421X-RAY DIFFRACTION3273
2.248-2.2750.189412X-RAY DIFFRACTION3279
2.275-2.3040.205431X-RAY DIFFRACTION3278
2.304-2.3340.199470X-RAY DIFFRACTION3284
2.334-2.3660.199514X-RAY DIFFRACTION3288
2.366-2.40.21526X-RAY DIFFRACTION3293
2.4-2.4360.201496X-RAY DIFFRACTION3291
2.436-2.4740.203477X-RAY DIFFRACTION3292
2.474-2.5140.208508X-RAY DIFFRACTION3292
2.514-2.5570.208526X-RAY DIFFRACTION3292
2.557-2.6040.212513X-RAY DIFFRACTION3293
2.604-2.6540.212531X-RAY DIFFRACTION3292
2.654-2.7080.199509X-RAY DIFFRACTION3292
2.708-2.7660.202501X-RAY DIFFRACTION3294
2.766-2.8310.188526X-RAY DIFFRACTION3292
2.831-2.9010.196523X-RAY DIFFRACTION3293
2.901-2.9790.198541X-RAY DIFFRACTION3293
2.979-3.0670.18498X-RAY DIFFRACTION3293
3.067-3.1650.201512X-RAY DIFFRACTION3293
3.165-3.2780.184532X-RAY DIFFRACTION3294
3.278-3.4090.171554X-RAY DIFFRACTION3294
3.409-3.5630.165509X-RAY DIFFRACTION3294
3.563-3.750.157541X-RAY DIFFRACTION3295
3.75-3.9830.17566X-RAY DIFFRACTION3294
3.983-4.2870.173504X-RAY DIFFRACTION3294
4.287-4.7130.174559X-RAY DIFFRACTION3294
4.713-5.3830.207529X-RAY DIFFRACTION3292
5.383-6.7380.259558X-RAY DIFFRACTION3293
6.738-19.7810.238585X-RAY DIFFRACTION3293
精密化 TLS

S33: 0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1602-0.1084-0.01830.52070.1138-0.17740.0564-0.16390.19890.0215-0.0621-0.0687-0.07670.01640.24990.00940.01010.2813-0.00370.298476.125124.424313.9359
20.1090.09530.1280.65160.4026-0.04870.00660.0234-0.19-0.0622-0.00880.02240.04250.02230.224-0.00730.01520.24360.02230.237575.168415.67711.7764
30.19270.01030.16470.3220.02690.4018-0.00060.04190.1211-0.0361-0.00390.0125-0.02580.00480.23350.007-0.00830.2191-0.0110.190633.15769.716830.535
40.12970.0746-0.01650.17660.35240.09990.11750.0465-0.20360.0492-0.0108-0.07420.03180.01320.21190.0113-0.01090.20310.01230.216842.56022.908730.269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 11:84A11 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 10:81B10 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid 1:90C1 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resid 7:84D7 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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