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- PDB-2zoc: Crystal structure of recombinant human annexin IV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zoc
タイトルCrystal structure of recombinant human annexin IV
要素Annexin A4
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / LIPID BINDING PROTEIN / helix / Annexin / Calcium / Calcium/phospholipid-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase inhibitor activity / zymogen granule membrane / negative regulation of interleukin-8 production / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / NF-kappaB binding / Notch signaling pathway / epithelial cell differentiation ...phospholipase inhibitor activity / zymogen granule membrane / negative regulation of interleukin-8 production / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / NF-kappaB binding / Notch signaling pathway / epithelial cell differentiation / calcium-dependent protein binding / : / nuclear membrane / calcium ion binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A4 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A4 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Konno, M. / Kaneko-Kanzaki, Y. / Fushinobu-Okushi, N. / Mochizuki, K. / Uchikaw, E. / Satoh, A. / Aikawa, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The comparison of the loop structure of membrane binding sites between human and bovine annexin IV
著者: Konno, M. / Kaneko-Kanzaki, Y. / Fushinobu-Okushi, N. / Mochizuki, K. / Uchikawa, E. / Satoh, A. / Aikawa, K.
履歴
登録2008年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A4
B: Annexin A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,18410
ポリマ－71,8632
非ポリマー3218
水4,035224
1
A: Annexin A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0925
ポリマ－35,9321
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Annexin A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0925
ポリマ－35,9321
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.223, 55.132, 127.147
Angle α, β, γ (deg.)90, 91.45, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Annexin A4 / Annexin-4 / Annexin IV / Lipocortin IV / Endonexin I / Chromobindin-4 / Protein II / P32.5 / ...Annexin-4 / Annexin IV / Lipocortin IV / Endonexin I / Chromobindin-4 / Protein II / P32.5 / Placental anticoagulant protein II / PAP-II / PP4-X / 35-beta calcimedin / Carbohydrate-binding protein P33/P41 / P33/41


分子量: 35931.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-3X-annexinIV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P09525
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 6000, calucium chloride, dioxisane, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.52 Å / Num. all: 38282 / Num. obs: 38282 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 5405 / Rsym value: 0.119 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ANN

1ann


解像度: 2→6 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 3672 -RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.22 36674 91.6 %-
all-40053 --
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5015 0 8 224 5247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.13
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2915 363
Rwork0.238 -
obs-3192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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