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- PDB-2zhj: Crystal Structure Analysis of the Sodium-Bound Annexin A4 at 1.34... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zhj
タイトルCrystal Structure Analysis of the Sodium-Bound Annexin A4 at 1.34 A resolution
要素Annexin A4
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / zynogen granule / membrane binding protein / Annexin / Calcium / Calcium/phospholipid-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


zymogen granule membrane / negative regulation of interleukin-8 production / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / exocytosis / NF-kappaB binding / Notch signaling pathway / epithelial cell differentiation / calcium-dependent protein binding ...zymogen granule membrane / negative regulation of interleukin-8 production / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / exocytosis / NF-kappaB binding / Notch signaling pathway / epithelial cell differentiation / calcium-dependent protein binding / nuclear membrane / calcium ion binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A4 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A4 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Annexin A4 / Annexin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Butsushita, K. / Ida, K. / Fukuoka, S.-I. / Arii, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis for the Soduim-Dependent Dissociation of Annexin A4: Crystal Structures of Soduim-Bound Annexin A4 at High Resolutions
著者: Butsushita, K. / Inoue, K. / Ida, K. / Fukuoka, S.-I. / Arii, Y.
履歴
登録2008年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2543
ポリマ－36,2081
非ポリマー462
水7,026390
1
A: Annexin A4
ヘテロ分子

A: Annexin A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5086
ポリマ－72,4162
非ポリマー924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.427, 39.528, 65.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Annexin A4


分子量: 36208.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Anxa4 / プラスミド: pGEX3x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q5U362, UniProt: P55260*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.1M soduim citrate, 0.5M ammonium sulfate, 0.9M lithium sulfate, pH5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月18日
放射モノクロメーター: Triangular Si(111) with an asymmetric angle of 7.8
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 59904 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ANN

1ann


解像度: 1.35→10 Å / Num. parameters: 25878 / Num. restraintsaints: 30671 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY SHELXL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 3268 5.3 %RANDOM
Rwork0.143 ---
all0.1435 59904 --
obs0.1435 59904 94.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.635 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2872
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2483 0 2 390 2875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0256
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.066
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.091
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.4 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.201 2874
Rwork0.143 -
obs-54246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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