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- PDB-6ms2: Crystal structure of the GH43 BlXynB protein from Bacillus lichen... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ms2 | ||||||
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Title | Crystal structure of the GH43 BlXynB protein from Bacillus licheniformis | ||||||
![]() | Glycoside Hydrolase Family 43 | ||||||
![]() | HYDROLASE / glycoside hydrolase / GH43 / Bacillus lincheniformis | ||||||
Function / homology | ![]() hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zanphorlin, L.M. / Morais, M.A.B. / Diogo, J.A. / Murakami, M.T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-guided design combined with evolutionary diversity led to the discovery of the xylose-releasing exo-xylanase activity in the glycoside hydrolase family 43. Authors: Zanphorlin, L.M. / de Morais, M.A.B. / Diogo, J.A. / Domingues, M.N. / de Souza, F.H.M. / Ruller, R. / Murakami, M.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 219.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 173.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 429.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ms3C ![]() 1yrzS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 60469.258 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 14580 / DSM 13 / JCM 2505 / NBRC 12200 / NCIMB 9375 / NRRL NRS-1264 / Gibson 46 Gene: xynB, BL03023 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-CA / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion Details: 36% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 5% (w/v) polyethelyne glycol 8,000 and 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 4, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.459 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.49→40.41 Å / Num. obs: 15465 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 33.78 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 9.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1YRZ Resolution: 2.494→33.313 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.68
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.74 Å2 / Biso mean: 38.8627 Å2 / Biso min: 11.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.494→33.313 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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