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- PDB-2zjt: Crystal structure of dna gyrase B' domain sheds lights on the mec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zjt
タイトルCrystal structure of dna gyrase B' domain sheds lights on the mechanism for T-segment navigation
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / DNA gyrase / GyrB-CTD / Toprim / Tail / DNA topoisomerase II / G-segment / T-segment / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #440 / Rossmann fold - #670 / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B ...Dna Ligase; domain 1 - #440 / Rossmann fold - #670 / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Dna Ligase; domain 1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fu, G.S. / Zhu, D.Y. / Hu, Y.L. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of DNA gyrase B' domain sheds lights on the mechanism for T-segment navigation
著者: Fu, G.S. / Wu, J.J. / Liu, W. / Zhu, D.Y. / Hu, Y.L. / Deng, J. / Zhang, X.E. / Bi, L.J. / Wang, D.C.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
B: DNA gyrase subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8742
ポリマ－55,8742
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-16.3 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.831, 52.763, 192.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 27937.010 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: gyrB / プラスミド: pET20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS, B834(DE3) / 参照: UniProt: P0C5C5, UniProt: P9WG45*PLUS, EC: 5.99.1.3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.401895 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79044 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% PEG 3350, 50mM sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A10.97947, 1.0000
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年12月6日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2007年10月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979471
211
31.54181
反射解像度: 2.8→36.7 Å / Num. all: 13938 / Num. obs: 13423 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 80.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1979 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1177400.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 654 5.1 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 12741 91.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.2337 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å20 Å2
2---1.91 Å20 Å2
3---2.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2962 0 0 0 2962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 96 5.3 %
Rwork0.341 1731 -
obs--81 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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