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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pbx | ||||||
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Title | Vibrio cholerae HapR | ||||||
![]() | Hemagglutinin/protease regulatory protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kull, F.J. / DeSilva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the Vibrio cholerae Quorum-Sensing Regulatory Protein HapR Authors: DeSilva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K. / Kull, F.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 91.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 76.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23722.393 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.24 % |
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Crystal grow![]() | Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M HEPES pH 7.5, 12% (wt/vol) polyethylene glycol 8000, and 5% (vol/vol) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Type: ADSC / Detector: CCD / Date: Mar 17, 2005 / Details: Toroidal focusing mirror | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.2→67.2 Å / Num. obs: 21439 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.68 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.3 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 5.69 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 99.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.294 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→19.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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