PDB-2zf9: Crystal structure of a type III cohesin module from the celluloso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zf9

タイトル

Crystal structure of a type III cohesin module from the cellulosomal ScaE cell-surface anchoring scaffoldin of Ruminococcus flavefaciens

要素

ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Dockerin-binding module / anchoring module / alpha helix / beta flaps

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #680 / membrane => GO:0016020 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

機能・相同性情報

生物種

Ruminococcus flavefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Frolow, F. / Bayer, E. / Alber, O.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Cohesin diversity revealed by the crystal structure of the anchoring cohesin from Ruminococcus flavefaciens.
著者: Alber, O. / Noach, I. / Rincon, M.T. / Flint, H.J. / Shimon, L.J.W. / Lamed, R. / Frolow, F. / Bayer, E.A.

履歴

登録	2007年12月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zf9.cif.gz	164.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zf9.ent.gz	135.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zf9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2zf9_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zf9_full_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示
XML形式データ	2zf9_validation.xml.gz	37.3 KB	表示
CIF形式データ	2zf9_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/2zf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/2zf9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1anu 1aoh 1g1k 1ohz 1tyj 1zv9 2b59 2bm3
類似構造データ	3p9y-3 4m3o-1 3x0s-d 2h9c-d 6u8h-d 3ufn-d 6u08-2 4zip-d 3fmv-5 3kf0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

B: ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

C: ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

D: ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

ヘテロ分子

84.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.56, 69.25, 93.03
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 123.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-399- HOH

#1: タンパク質	ScaE cell-surface anchored scaffoldin protein 分子量: 21042.678 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 30-211 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens (バクテリア) 株: 17 / 遺伝子: scaE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q4A3Y2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 23% PEG 3350, 0.1M calcium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月24日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→23.8 Å / Num. all: 60499 / Num. obs: 60499 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.73 % / B_iso Wilson estimate: 25.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 29.9
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique all: 2738 / R_sym value: 0.372 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MxCuBE		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→23.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.276 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21122	3032	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16163	-	-	-
all	0.16413	60499	-	-
obs	0.16413	56820	98.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.461 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.85 Å²	0 Å²	0.66 Å²
2-	-	-1.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.28 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.187 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→23.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5428	0	7	880	6315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	5560
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.421	1.966	7564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.409	5	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.031	26.624	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.449	15	918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.777	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	3799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.301	3	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.183	5	5787
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.178	7	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.458	10	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.948→1.999 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	197	-
R_work	0.217	3794	-
obs	-	-	89.85 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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