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万見
- PDB-2zet: Crystal structure of the small GTPase Rab27B complexed with the S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zet
タイトルCrystal structure of the small GTPase Rab27B complexed with the Slp homology domain of Slac2-a/melanophilin
要素
  • Melanophilin
  • Ras-related protein Rab-27B
キーワードSIGNALING PROTEIN / COMPLEX / GTP-BINDING PROTEIN / GTPASE / G-PROTEIN / RAB / RAB27B / EFFECTOR / MELANOPHILIN / Slp homology domain / Acetylation / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Prenylation / Coiled coil / Metal-binding / Zinc / Zinc-finger / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / melanosome localization / unconventional myosin complex / zymogen granule membrane / anterograde axonal protein transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Platelet degranulation / melanocyte differentiation / multivesicular body sorting pathway ...RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / melanosome localization / unconventional myosin complex / zymogen granule membrane / anterograde axonal protein transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Platelet degranulation / melanocyte differentiation / multivesicular body sorting pathway / myosin V binding / trans-Golgi network transport vesicle / multivesicular body membrane / Golgi stack / microtubule plus-end binding / cortical actin cytoskeleton / pigmentation / myosin binding / microtubule organizing center / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / protein targeting / stress fiber / axon cytoplasm / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / small GTPase binding / GDP binding / synaptic vesicle membrane / melanosome / late endosome / actin cytoskeleton / actin binding / G protein activity / molecular adaptor activity / apical plasma membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rab effector MyRIP/Melanophilin / Melanophilin, FYVE-related domain / : / Rab effector MyRIP/melanophilin C-terminus / Rab27a/b / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / : ...Rab effector MyRIP/Melanophilin / Melanophilin, FYVE-related domain / : / Rab effector MyRIP/melanophilin C-terminus / Rab27a/b / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / : / Small GTPase Rab domain profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Small GTP-binding protein domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Melanophilin / Ras-related protein Rab-27B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kukimoto-Niino, M. / Sakamoto, A. / Kanno, E. / Hanawa-Suetsugu, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Fukuda, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the exclusive specificity of Slac2-a/melanophilin for the Rab27 GTPases.
著者: Kukimoto-Niino, M. / Sakamoto, A. / Kanno, E. / Hanawa-Suetsugu, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Fukuda, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-27B
C: Melanophilin
B: Ras-related protein Rab-27B
D: Melanophilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,46414
ポリマ－81,9154
非ポリマー1,54910
水1629
1
A: Ras-related protein Rab-27B
C: Melanophilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7327
ポリマ－40,9572
非ポリマー7745
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
2
B: Ras-related protein Rab-27B
D: Melanophilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7327
ポリマ－40,9572
非ポリマー7745
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.208, 82.208, 325.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-27B


分子量: 23235.277 Da / 分子数: 2 / 断片: GTPase domain, UNP residues 1-201 / 変異: Q78L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: CELL FREE PROTEIN SYNTHESIS / 遺伝子: Rab27b / プラスミド: PX070112-08 / 参照: UniProt: Q99P58
#2: タンパク質 Melanophilin / Exophilin-3 / Leaden protein / Synaptotagmin-like protein 2a / Slp homolog lacking C2 domains a / SlaC2-a


分子量: 17722.168 Da / 分子数: 2 / 断片: Slp homology domain, UNP residues 1-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: CELL FREE PROTEIN SYNTHESIS / 遺伝子: Slac2a / プラスミド: PX051201-06 / 参照: UniProt: Q91V27

-
非ポリマー , 5種, 19分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 1.65M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 23600 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Rsym value: 0.781 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→45.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2503339.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 2311 9.9 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.247 23411 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.5647 Å2 / ksol: 0.305435 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.57 Å20 Å20 Å2
2--9.57 Å20 Å2
3----19.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5208 0 80 9 5297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 326 8.6 %
Rwork0.367 3473 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4gtp_paramgtp_Xplor_top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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