[日本語] English
万見
- PDB-2zeq: Crystal structure of ubiquitin-like domain of murine Parkin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zeq
タイトルCrystal structure of ubiquitin-like domain of murine Parkin
要素E3 ubiquitin-protein ligase parkin
キーワードLIGASE / Parkin / ubiquitin-like domain / Alternative splicing / Cell junction / Cell projection / Cytoplasm / Endoplasmic reticulum / Membrane / Metal-binding / Nucleus / Postsynaptic cell membrane / S-nitrosylation / Synapse / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / Josephin domain DUBs / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cellular response to L-glutamine / negative regulation of exosomal secretion ...positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / Josephin domain DUBs / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cellular response to L-glutamine / negative regulation of exosomal secretion / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / Regulation of necroptotic cell death / Aggrephagy / type 2 mitophagy / response to curcumin / cellular response to hydrogen sulfide / negative regulation of mitochondrial fusion / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of protein linear polyubiquitination / negative regulation of actin filament bundle assembly / host-mediated suppression of viral genome replication / RBR-type E3 ubiquitin transferase / F-box domain binding / positive regulation of mitochondrial fusion / regulation of cellular response to oxidative stress / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / mitochondrion localization / positive regulation of dendrite extension / regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of neurotransmitter secretion / protein K6-linked ubiquitination / norepinephrine metabolic process / autophagy of mitochondrion / dopaminergic synapse / positive regulation of type 2 mitophagy / protein localization to mitochondrion / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to membrane / mitochondrial fission / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / aggresome assembly / protein K11-linked ubiquitination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cellular response to L-glutamate / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of mitochondrion organization / ubiquitin conjugating enzyme binding / positive regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of JNK cascade / aggresome / response to corticosterone / positive regulation of mitochondrial fission / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / response to muscle activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / startle response / dopamine metabolic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / cullin family protein binding / protein K63-linked ubiquitination / regulation of synaptic vesicle endocytosis / protein monoubiquitination / negative regulation of mitochondrial fission / response to unfolded protein / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / phospholipase binding / mitophagy / protein autoubiquitination / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to manganese ion / Hsp70 protein binding / regulation of mitochondrial membrane potential / tubulin binding / response to endoplasmic reticulum stress / adult locomotory behavior / ubiquitin binding / learning / synaptic transmission, glutamatergic / mitochondrion organization / PDZ domain binding / locomotory behavior / protein catabolic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein destabilization / modulation of chemical synaptic transmission / neuron cellular homeostasis / beta-catenin binding / kinase binding / histone deacetylase binding
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain ...: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / : / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Tomoo, K.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and molecular dynamics simulation of ubiquitin-like domain of murine parkin
著者: Tomoo, K. / Mukai, Y. / In, Y. / Miyagawa, H. / Kitamura, K. / Yamano, A. / Shindo, H. / Ishida, T.
履歴
登録2007年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9181
ポリマ－8,9181
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.06, 46.06, 65.15
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin


分子量: 8918.294 Da / 分子数: 1 / 断片: Ubiquitin-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WVS6, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 3M NaCl, 50mM Acetate, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→39.89 Å / Num. obs: 11949 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.38 % / Rmerge(I) obs: 0.019
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 5.17 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→39.89 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.244 942 RANDOM
Rwork0.195 --
obs-9420 -
原子変位パラメータBiso mean: 19.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数626 0 0 44 670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.762
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.142

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る