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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zc7 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Class C beta-Lactamase ACT-1 | ||||||
![]() | Beta-lactamase ACT-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / two-domain structure | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shimizu-Ibuka, A. / Sakai, H. / Galleni, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the plasmid-mediated class C beta-lactamase ACT-1 著者: Shimizu-Ibuka, A. / Bauvois, C. / Sakai, H. / Galleni, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 229.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 501.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xx2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39321.953 Da / 分子数: 4 / 断片: residues in database 23-381 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.81 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 86460 / Num. obs: 86460 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 30.2 / Num. unique all: 8455 / % possible all: 84.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1XX2 解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.51 Å / Luzzati d res low obs: 20 Å / Luzzati sigma a obs: -0.89 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å |