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万見
- PDB-2zbd: Crystal Structure of the SR Calcium Pump with Bound Aluminium Flu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zbd
タイトルCrystal Structure of the SR Calcium Pump with Bound Aluminium Fluoride, ADP and Calcium
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
キーワードHYDROLASE / MEMBRANE PROTEIN / P-TYPE ATPASE / HAD FOLD / ALTERNATIVE SPLICING / ATP-BINDING / CALCIUM / CALCIUM TRANSPORT / ENDOPLASMIC RETICULUM / ION TRANSPORT / MAGNESIUM / METAL-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHORYLATION / SARCOPLASMIC RETICULUM / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Toyoshima, C. / Nomura, H. / Tsuda, T. / Ogawa, H. / Norimatsu, Y.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Lumenal gating mechanism revealed in calcium pump crystal structures with phosphate analogues
著者: Toyoshima, C. / Nomura, H. / Tsuda, T.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum at 2.6 A resolution
著者: Toyoshima, C. / Nakasako, M. / Nomura, H. / Ogawa, H.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structural changes in the calcium pump accompanying the dissociation of calcium
著者: Toyoshima, C. / Nomura, H.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the calcium pump with a bound ATP analogue
著者: Toyoshima, C. / Mizutani, T.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structural role of countertransport revealed in Ca(2+) pump crystal structure in the absence of Ca(2+)
著者: Obara, K. / Miyashita, N. / Xu, C. / Toyoshima, I. / Sugita, Y. / Inesi, G. / Toyoshima, C.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Interdomain communication in calcium pump as revealed in the crystal structures with transmembrane inhibitors
著者: Takahashi, M. / Kondou, Y. / Toyoshima, C.
履歴
登録2007年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2007年11月20日ID: 2Z9R
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The C-terminal residues in UNP entry P04191 are from 994 to 1001, DPEDERRK. In isoform ...SEQUENCE The C-terminal residues in UNP entry P04191 are from 994 to 1001, DPEDERRK. In isoform SERCA1A, there is only one c-terminal residue 994 GLY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8689
ポリマ－109,6291
非ポリマー2,2398
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.900, 75.100, 152.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 / Calcium pump 1 / SERCA1 / SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum ...Calcium pump 1 / SERCA1 / SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / fast twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase


分子量: 109628.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: SKELETAL MUSCLE (WHITE) / 参照: UniProt: P04191, EC: 3.6.3.8

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非ポリマー , 6種, 106分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.29 %
結晶化温度: 283 K / pH: 6.1 / 詳細: PEG 400, pH 6.10, MICRODIALYSIS, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月13日
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE- CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 61807 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 58.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WPE

1wpe
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 22.182 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27136 3093 5 %RANDOM
Rwork0.24633 ---
obs0.24759 58265 100 %-
all-58529 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.73 Å20 Å2-5.97 Å2
2--12.1 Å20 Å2
3----11.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7671 0 147 98 7916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227954
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.011.9910770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7225993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69624.357319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.348151382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9241548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.23774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.25525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0960.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0940.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4071.55112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60728013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.60233216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9694.52757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 156 -
Rwork0.376 2663 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.28211.528.83051.24921.534916.49360.59750.613-0.76480.01240.3864-0.10341.8220.5476-0.98390.02410.11120.00080.4233-0.0055-0.247271.021216.10367.2371
24.70460.35135.31661.05691.292311.21570.38190.5868-0.41310.13820.21420.05841.1708-0.5869-0.5961-0.1306-0.06360.01930.72290.1502-0.359957.867921.85036.9987
31.21950.08030.96151.56291.08229.1425-0.19940.5720.0627-0.17410.11940.1065-1.1526-0.7670.0801-0.06670.16550.0230.69390.2485-0.541361.450738.7967-0.5729
45.6627-0.07540.13951.5749-0.2842.75310.47930.6641-0.8461-0.2493-0.3380.34040.59430.2922-0.14130.09020.2261-0.2175-0.2485-0.20910.335883.39753.943552.0783
52.22870.22190.78290.0414-0.21574.73310.23150.48220.07370.151-0.16770.0268-0.3579-0.0254-0.06390.03160.1360.0663-0.28310.02780.028567.624434.545248.1159
63.0833-0.36840.11760.50970.33272.50190.257-0.3002-0.18440.0241-0.2313-0.0568-0.11030.2369-0.0257-0.0221-0.1764-0.0168-0.24490.08650.042183.099427.992373.0619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA45 - 12245 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2AA238 - 329238 - 329
3X-RAY DIFFRACTION3AA751 - 994751 - 994
4X-RAY DIFFRACTION3AB - C995 - 996
5X-RAY DIFFRACTION4AA1 - 441 - 44
6X-RAY DIFFRACTION4AA123 - 237123 - 237
7X-RAY DIFFRACTION5AA330 - 364330 - 364
8X-RAY DIFFRACTION5AA601 - 750601 - 750
9X-RAY DIFFRACTION5AE998
10X-RAY DIFFRACTION6AA365 - 600365 - 600
11X-RAY DIFFRACTION6AD997
12X-RAY DIFFRACTION6AF - G1001 - 1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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