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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2za4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structural Analysis of Barnase-barstar Complex | ||||||
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![]() | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / protein-protein complex / Endonuclease / Genetically modified food / Hydrolase / Nuclease / Secreted / Cytoplasm / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Urakubo, Y. / Ikura, T. / Ito, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structural analysis of protein-protein interactions drastically destabilized by a single mutation 著者: Urakubo, Y. / Ikura, T. / Ito, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1brsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12340.618 Da / 分子数: 2 / 変異: K98A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PML2BS / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 10244.598 Da / 分子数: 2 / 変異: D39A, C40A, C82A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PML2BS / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 6000, 0.1M HEPES (pH 7.0), 1.0M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 61328 / Num. obs: 61328 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 35.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 3459 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 90.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1BRS 解像度: 1.58→43.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 143527.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.2632 Å2 / ksol: 0.369678 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→43.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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