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万見
- PDB-2ypm: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Anima... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ypm
タイトルCrystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Animal and Fungi Common Ancestor (LAFCA) from the Precambrian Period
要素LAFCA THIOREDOXIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANCESTRAL RECONSTRUCTED
機能・相同性Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years
著者: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAFCA THIOREDOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9071
ポリマ－11,9071
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.493, 42.791, 55.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LAFCA THIOREDOXIN


分子量: 11906.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PET30A PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: thioredoxin-disulfide reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ANCESTRAL RECONSTRUCTED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.5
詳細: COUNTER-DIFFUSION: 0.1M TRIS-HCL, 30% PEG 4000, 0.2 M MGCL2, PH 8.50, T 277 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 4904 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 29.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23.26
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ERV

1erv


解像度: 2.199→19.983 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 227 4.7 %
Rwork0.1666 --
obs0.1701 4874 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.384 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5204 Å20 Å20 Å2
2---1.2767 Å20 Å2
3---2.7972 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→19.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数810 0 0 52 862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0871204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.476343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1985-2.76870.30691090.1942253X-RAY DIFFRACTION99
2.7687-19.98360.2141180.15652394X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.66530.6083-0.7412.2074-0.02333.3390.26770.56720.0979-0.7711-0.1180.43470.1099-0.31140.18820.24580.0887-0.12490.1189-0.03710.194-22.74383.63814.2795
23.9217-0.35550.25853.1358-0.12963.0976-0.0276-0.00020.1110.06520.2342-0.3422-0.35120.36380.01260.1389-0.0320.03930.0952-0.07890.1047-12.8836-1.065511.2743
31.6762-0.429-2.05530.96791.37113.3513-0.08830.4977-0.1872-0.2107-0.12120.57-0.0102-0.77810.06930.1296-0.0509-0.08960.36710.0670.4586-29.0725-4.192111.2887
42.6110.93370.1271.29730.34441.1981-0.01020.17490.0159-0.18080.19390.2640.0863-0.0986-0.00920.1262-0.16880.05490.1222-0.0210.173-19.4881-8.10235.2875
50.35250.34780.47290.7886-1.25427.3101-0.21920.2319-0.2375-0.23990.0084-0.28270.50740.02140.00550.1406-0.06890.10280.1314-0.05770.2011-13.948-11.28775.2607
62.26210.247-2.01012.98850.05794.8619-0.1103-0.0505-0.1245-0.18950.2461-0.675-0.11390.4501-0.1330.1279-0.04620.09290.1422-0.09380.3324-5.1826-8.44927.2397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:17)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 18:58)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 59:66)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 67:83)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 84:93)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 94:105)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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