PDB-2o87: S. aureus thioredoxin P31S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o87

タイトル

S. aureus thioredoxin P31S mutant

要素

Thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / thioredoxin / redox enzyme / oxidoreductase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / isomorphous substitution / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Roos, G. / Loris, R. / Messens, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The conserved active site proline determines the reducing power of Staphylococcus aureus thioredoxin
著者: Roos, G. / Garcia-Pino, A. / Van Belle, K. / Brosens, E. / Wahni, K. / Vandenbussche, G. / Wyns, L. / Loris, R. / Messens, J.

履歴

登録	2006年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns_shell / software Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all / _software.name
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o87.cif.gz	31.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o87.ent.gz	20 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/2o87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/2o87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o7kSC 2o85C 2o89C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fa4-1 3hhv-d 2o89-d 2o7k-d 3ziv-1 2o85-d 1auc-d 4pom-1 2fa4-2 2hxk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

11.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.224, 49.552, 54.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thioredoxin / TRX 分子量: 11592.169 Da / 分子数: 1 / 変異: P31S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: TrxA / プラスミド: pET-14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A0K6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M TRIS, 30% PEG4000, 0.2M MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8128 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8128 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→15 Å / Num. all: 4669 / Num. obs: 4669 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.86 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.89 % / R_merge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 464

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MAR345	データ収集
CNS	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング

精密化

構造決定の手法: isomorphous substitution
開始モデル: 2O7K

2o7k

解像度: 2.4→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	509	-	random
R_work	0.193	-	-	-
all	-	4669	-	-
obs	-	4669	99.7 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	756	0	0	11	767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.324

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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