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万見
- PDB-2fa4: Crystal Structure of Oxidized Form from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fa4
タイトルCrystal Structure of Oxidized Form from Saccharomyces cerevisiae
要素Thioredoxin II
キーワードELECTRON TRANSPORT / ALPHA/BETA SANDWICH / DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion priming complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / sulfate assimilation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / disulfide oxidoreductase activity / fungal-type vacuole ...membrane fusion priming complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / sulfate assimilation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / disulfide oxidoreductase activity / fungal-type vacuole / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Oxidative Stress Induced Senescence / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein-disulfide reductase activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / protein transport / Golgi membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Bao, R. / Tang, Y.J. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the yeast cytoplasmic thioredoxin Trx2
著者: Bao, R. / Chen, Y. / Tang, Y.J. / Janin, J. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2005年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin II
B: Thioredoxin II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3482
ポリマ－24,3482
非ポリマー00
水1,54986
1
A: Thioredoxin II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1741
ポリマ－12,1741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thioredoxin II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1741
ポリマ－12,1741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.151, 83.151, 64.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 104 / Label seq-ID: 8 - 111

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Thioredoxin II / TR-II / Thioredoxin 1


分子量: 12173.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22803
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer, 30%(w/v) PEG mmE 2000, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.376→30.165 Å / Num. all: 9601 / Num. obs: 9445 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 10.5 / Observed criterion σ(I): 110.5
反射 シェル最高解像度: 2.4 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→30.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 5.769 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25861 453 4.8 %RANDOM
Rwork0.20583 ---
obs0.20818 8991 98.29 %-
all-9601 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→30.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 0 0 86 1656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9652168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.15206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.3392660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.31315274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.717152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0760.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.571.51062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.96321668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3333618
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3834.5500
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 784 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.420.5
medium thermal2.412
LS精密化 シェル解像度: 2.376→2.438 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 30 -
Rwork0.222 519 -
obs--77.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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