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- PDB-2ymt: gamma 2 adaptin EAR domain crystal structure with phage peptide G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ymt
タイトルgamma 2 adaptin EAR domain crystal structure with phage peptide GEEWGPWV
要素
  • AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-LIKE 2
  • PHAGE DISPLAY DERIVED GAMMA 2 ADAPTIN EAR DOMAIN BINDING PEPTIDE
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


AP-1 adaptor complex / Golgi to vacuole transport / clathrin adaptor activity / Golgi-associated vesicle / Lysosome Vesicle Biogenesis / transport vesicle / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / endosome membrane / Golgi membrane ...AP-1 adaptor complex / Golgi to vacuole transport / clathrin adaptor activity / Golgi-associated vesicle / Lysosome Vesicle Biogenesis / transport vesicle / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / endosome membrane / Golgi membrane / synapse / Golgi apparatus / membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / : / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region ...Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / : / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-PROPANDIOL / AP-1 complex subunit gamma-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Juergens, M.C. / Voros, J. / Rautureau, G. / Shepherd, D. / Pye, V.E. / Muldoon, J. / Johnson, C.M. / Ashcroft, A. / Freund, S.M.V. / Ferguson, N.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: The Hepatitis B Virus Pres1 Domain Hijacks Host Trafficking Proteins by Motif Mimicry.
著者: Jurgens, M.C. / Voros, J. / Rautureau, G.J.P. / Shepherd, D.A. / Pye, V.E. / Muldoon, J. / Johnson, C.M. / Ashcroft, A.E. / Freund, S.M.V. / Ferguson, N.
履歴
登録2012年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32013年8月28日Group: Database references
改定 1.42017年7月12日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-LIKE 2
B: PHAGE DISPLAY DERIVED GAMMA 2 ADAPTIN EAR DOMAIN BINDING PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7963
ポリマ－14,7202
非ポリマー761
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-5.5 kcal/mol
Surface area7120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.803, 37.772, 105.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-LIKE 2 / GAMMA2-ADAPTIN / G2AD / GAMMA 2 ADAPTIN EAR DOMAIN


分子量: 13762.746 Da / 分子数: 1 / 断片: EAR DOMAIN, RESIDUES 665-785 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O75843
#2: タンパク質・ペプチド PHAGE DISPLAY DERIVED GAMMA 2 ADAPTIN EAR DOMAIN BINDING PEPTIDE


分子量: 957.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 100 MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5, 0.02 M 1,6-HEXANEDIOL, 0.02 M 1-BUTANOL, 0.02 M (RS)-1,2- PROPANEDIOL, 0.02 M 2-PROPANOL, 0.02 M 1,4-BUTANEDIOL, 0.02 M 1,3-PROPANEDIOL, 10% (W/V) PEG 20000 AND ...詳細: 100 MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5, 0.02 M 1,6-HEXANEDIOL, 0.02 M 1-BUTANOL, 0.02 M (RS)-1,2- PROPANEDIOL, 0.02 M 2-PROPANOL, 0.02 M 1,4-BUTANEDIOL, 0.02 M 1,3-PROPANEDIOL, 10% (W/V) PEG 20000 AND 24% (V/V) PEG400 (USING A 2:1 RATIO OF PROTEIN TO MOTHER LIQUOR)

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月25日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC VARIMAX HR OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.71 Å / Num. obs: 13212 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BCX

4bcx


解像度: 1.802→30.708 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SAME KSOL AND BSOL ISSUE AS FOR THE 4BCX ENTRY. THEY DO NOT APPEAR IN THE SOFTWARE OUTPUT. PDB COMMENT WAS THAT THIS IS KNOWN AND NULL IS OK TO PUT INSTEAD OF N A AS THIS IS NOT ACCEPTED DURING DEPOSITION.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 640 4.9 %
Rwork0.185 --
obs0.1876 13166 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→30.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1021 0 5 125 1151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0981479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.295408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8016-1.94070.29011210.212215X-RAY DIFFRACTION89
1.9407-2.1360.23791230.17932514X-RAY DIFFRACTION100
2.136-2.4450.22451260.18262538X-RAY DIFFRACTION100
2.445-3.07990.24491220.19832570X-RAY DIFFRACTION100
3.0799-30.71220.23921480.17632689X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.5745 Å / Origin y: -3.2126 Å / Origin z: 14.8178 Å
111213212223313233
T0.0829 Å20.0039 Å2-0.0017 Å2-0.1103 Å2-0.0092 Å2--0.0787 Å2
L0.6237 °2-0.168 °2-0.269 °2-1.4811 °20.8746 °2--1.8991 °2
S-0.0177 Å °0.0783 Å °0.0144 Å °-0.0387 Å °-0.0851 Å °0.1094 Å °-0.0329 Å °-0.2522 Å °0.0625 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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