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- PDB-2yms: Structure and assembly of a b-propeller with nine blades and a ne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yms
タイトルStructure and assembly of a b-propeller with nine blades and a new conserved repetitive sequence motif
要素(OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR ...) x 4
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / PROPELLER STRUCTURE / ASSEMBLED FROM FRAGMENTS / NINE BLADES
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #480 / Lipocalin - #630 / PQQ enzyme repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Lipocalin ...Thrombin, subunit H - #480 / Lipocalin - #630 / PQQ enzyme repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Thrombin, subunit H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Zeth, K. / Albrecht, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Assembly of a B-Propeller with Nine Blades and a New Conserved Repetitive Sequence Motif
著者: Albrecht, R. / Zeth, K.
履歴
登録2012年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB
B: OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB
C: OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB
D: OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6165
ポリマ－37,5934
非ポリマー231
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-39.4 kcal/mol
Surface area14290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.570, 83.450, 57.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB


分子量: 13599.114 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENTS OF BAMB FROM E. COLI, RESIDUES 62-191 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21List of strains of Escherichia coli / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77774
#2: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB


分子量: 7600.385 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENTS OF BAMB FROM E. COLI, RESIDUES 113-186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21List of strains of Escherichia coli / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77774
#3: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB


分子量: 8261.299 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENTS OF BAMB FROM E. COLI, RESIDUES 248-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21List of strains of Escherichia coli / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77774
#4: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB


分子量: 8132.185 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENTS OF BAMB FROM E. COLI, RESIDUES 249-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21List of strains of Escherichia coli / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77774

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非ポリマー , 2種, 94分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE PROTEIN CRYSTAL ASSEMBLED FROM FRAGMENTS OF BAMB OF E. COLI

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 21022 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.101→50.206 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 26.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 1079 5.1 %
Rwork0.187 --
obs0.1899 21018 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→50.206 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2588 0 1 93 2682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0693597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.665907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1013-2.1970.33741160.26262378X-RAY DIFFRACTION95
2.197-2.31280.30691200.25042512X-RAY DIFFRACTION100
2.3128-2.45770.28711350.24392497X-RAY DIFFRACTION99
2.4577-2.64740.30661290.2312512X-RAY DIFFRACTION99
2.6474-2.91380.27371670.20432481X-RAY DIFFRACTION100
2.9138-3.33540.26191370.18532529X-RAY DIFFRACTION100
3.3354-4.20190.22181400.16042523X-RAY DIFFRACTION99
4.2019-50.22030.18991350.16152507X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40390.5220.98490.50150.3040.6635-0.19010.2351-0.1785-0.3472-0.16740.3253-0.2093-0.1822-0.00090.4588-0.0489-0.00240.31110.03320.44966.55270.337524.2616
20.63080.57460.06670.6292-0.21360.5473-0.1262-0.10450.16660.3560.078-0.3423-0.43310.22720.00020.3771-0.016-0.05940.31510.00030.431911.43972.049332.0664
30.3303-0.02090.13080.12880.09170.837-10.49450.4507-0.81170.60580.09680.1810.2394-0.11460.4738-0.019-0.05470.4134-0.00250.617215.8681-7.47318.28
40.93510.17030.61750.77610.44390.47580.0082-0.16740.26410.09990.0268-0.0285-0.16220.24590.00040.4828-0.0385-0.02270.33740.0530.36036.982-10.716323.0421
51.917-0.0170.18151.6408-0.26381.6986-0.07220.18780.1245-0.12240.0854-0.00810.0304-0.01270.00020.2998-0.0032-0.00380.24420.03170.26442.8625-14.071819.266
61.5720.6257-0.37640.9711-0.94310.8535-0.31030.43160.1243-0.46230.12090.2187-0.3798-0.2496-0.00010.51910.012-0.02690.47390.00980.4533-2.7823-21.024813.9601
72.1754-1.3144-0.08490.93710.45410.61320.40060.188-0.5942-0.4891-0.4468-0.19940.14310.0190.00060.48520.10370.0010.56560.00060.4357-9.9702-14.327511.8789
81.0214-1.30720.40812.0287-0.67440.18070.5430.2444-0.3082-0.7207-0.52240.1367-0.09580.0707-0.00210.61750.1054-0.06020.6128-0.12270.4479-17.7404-7.47743.3701
90.14520.20180.15440.27140.22380.170.30060.65340.0674-0.0079-0.089-0.06820.2762-0.77660.00180.42580.06060.06120.6111-0.13070.3478-18.17884.69717.5328
104.74632.6339-1.78371.6806-0.84430.83640.65970.39590.3268-0.4861-0.45310.9182-0.66310.4141-0.04750.34840.1274-0.04560.6815-0.09390.4411-16.23558.2237-1.0151
110.8114-0.8267-0.33260.8240.43290.37750.25220.4506-0.2628-0.9375-0.5503-0.01650.10320.4473-0.00280.56940.09-0.10510.6483-0.09650.3915-23.71177.68041.3431
121.28720.55960.69523.81620.23272.0050.80850.1684-0.5154-0.9357-0.9137-0.89312.28241.42740.40970.43160.22930.10181.02250.05810.1813-8.52669.93673.3233
130.2727-0.0010.13540.39140.00290.0540.19490.99320.2898-0.4679-0.18610.2836-0.0677-0.3298-0.00060.3249-0.00560.04960.5312-0.00210.2666-14.097312.970712.2566
146.2293-0.5543-1.86250.56840.5230.87310.0011.26920.3459-0.4274-0.6579-0.0466-0.15410.2668-1.09020.2811-0.00780.22091.32890.21880.4775-3.772916.992.903
150.00450.0319-0.04050.0296-0.09110.11240.15870.2014-0.2922-0.1791-0.41540.111-0.08420.4847-0.00120.36780.1196-0.0260.64350.00290.4381-18.464616.48877.7712
161.08121.9633-0.19353.5202-0.3260.02880.41260.20930.22580.67420.53830.8509-1.0192-0.34790.11020.5102-0.0764-0.1010.60880.17460.4851-11.554622.10548.7714
170.88620.22420.33380.83870.10960.6194-0.3130.0827-0.00960.03410.2379-0.02550.0186-0.0807-0.00030.3657-0.0060.02340.42820.00560.399-4.570415.811515.7872
180.9835-1.11961.29331.1546-1.25491.33590.03750.1623-0.0903-0.2557-0.0229-0.0608-0.08740.464-0.00010.3967-0.03110.07660.3625-0.00990.434.724313.722623.4933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 62 THROUGH 79 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 80 THROUGH 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 97 THROUGH 115 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 116 THROUGH 135 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 136 THROUGH 175 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 176 THROUGH 191 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESID 229 THROUGH 276 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 277 THROUGH 322 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 113 THROUGH 125 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 126 THROUGH 135 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 136 THROUGH 146 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 147 THROUGH 155 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 156 THROUGH 165 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 166 THROUGH 170 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 171 THROUGH 180 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 181 THROUGH 186 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESID 247 THROUGH 276 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESID 277 THROUGH 320 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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