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- PDB-2xf7: Crystal structure of Bacillus subtilis SPP1 phage gp23.1, a putat... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xf7 | ||||||
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Title | Crystal structure of Bacillus subtilis SPP1 phage gp23.1, a putative chaperone. High-resolution structure. | ||||||
![]() | GP23.1 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||
Function / homology | Arc Repressor Mutant, subunit A - #1530 / : / SPP1 phage GP23.1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Bacteriophage SPP1 complete nucleotide sequence![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Veesler, D. / Blangy, S. / Lichiere, J. / Ortiz-Lombardia, M. / Tavares, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Bacillus Subtilis Spp1 Phage Gp23.1, A Putative Chaperone. Authors: Veesler, D. / Blangy, S. / Lichiere, J. / Ortiz-Lombardia, M. / Tavares, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 107.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 466.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2xf5SC ![]() 2xf6C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 5687.134 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: RESIDUES 2-51 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.49 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | Details: 0.2M NASCN, 2.2M (NH4)2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 4, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97372 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.61→41.27 Å / Num. obs: 37993 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 18.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.61→1.7 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 90.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2XF5 Resolution: 1.61→22.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9598 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9481 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso mean: 23.34 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.197 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.61→22.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.61→1.65 Å / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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