PDB-2yht: Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yht

タイトル

Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group)

要素

PROTEIN HFQ

キーワード

CHAPERONE / RNA CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / bacterial nucleoid / regulation of translation, ncRNA-mediated / bent DNA binding / regulation of RNA stability / RNA folding chaperone / tRNA processing / tRNA binding / regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Basquin, J. / Sauter, C.

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2011
タイトル: Exploiting Protein Engineering and Crystal Polymorphism for Successful X-Ray Structure Determination
著者: Bonnefond, L. / Schellenberger, P. / Basquin, J. / Demangeat, G. / Ritzenthaler, C. / Chenevert, R. / Balg, C. / Frugier, M. / Rudinger-Thirion, J. / Giege, R. / Lorber, B. / Sauter, C.

履歴

登録	2011年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yht.cif.gz	156.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yht.ent.gz	125.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yht_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yht_full_validation.pdf.gz	488.7 KB	表示
XML形式データ	2yht_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	2yht_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y90SC 3zxiC 4v5wC 1hk9 1m7c 1oou 1oov S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y90-1 1hk9-d 1u1s-d 3inz-d 4rcb-1 6bdg-1 4pno-1 4juv-d 3sb2-d 4rcc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN HFQ

B: PROTEIN HFQ

C: PROTEIN HFQ

D: PROTEIN HFQ

E: PROTEIN HFQ

F: PROTEIN HFQ

G: PROTEIN HFQ

H: PROTEIN HFQ

I: PROTEIN HFQ

J: PROTEIN HFQ

K: PROTEIN HFQ

L: PROTEIN HFQ

99.1 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN HFQ

B: PROTEIN HFQ

C: PROTEIN HFQ

D: PROTEIN HFQ

E: PROTEIN HFQ

F: PROTEIN HFQ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: PROTEIN HFQ

H: PROTEIN HFQ

I: PROTEIN HFQ

J: PROTEIN HFQ

K: PROTEIN HFQ

L: PROTEIN HFQ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.200, 61.200, 53.100
Angle α, β, γ (deg.)	82.60, 87.30, 60.00
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	PROTEIN HFQ / HF-1 / HOST FACTOR-I PROTEIN / HF-I 分子量: 8257.572 Da / 分子数: 12 / 断片: SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P0A6X3

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 30 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 30% PEG 3350, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.4. CRYSTALLIZATIONS WERE CARRIED OUT AT 20 DEGREES CELSIUS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→62 Å / Num. obs: 14455 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 82.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y90

2y90

解像度: 2.9→30.566 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2285	700	5 %
R_work	0.1809	-	-
obs	0.1833	14073	96.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 19.061 Å² / k_sol: 0.369 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.9152 Å²	-0.978 Å²	0.3209 Å²
2-	-	-9.2556 Å²	0.9528 Å²
3-	-	-	18.9369 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30.566 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6048	0	0	0	6048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.154	8352
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.74	2340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1008
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1056

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	3	C	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	4	D	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	5	E	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	6	F	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	7	G	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	8	H	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
1	9	I	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
1	10	J	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	11	K	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	12	L	396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
2	1	A	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
2	3	C	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
2	4	D	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
2	5	E	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
2	6	G	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
2	7	H	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
2	8	I	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
2	9	J	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
2	10	K	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
2	11	L	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
3	1	A	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
3	3	C	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
3	4	D	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
3	5	E	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
3	6	G	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
3	7	H	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
3	8	I	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
3	9	J	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
3	10	F	72	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9001-3.1238	0.2652	116	0.2157	2531	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1238-3.4378	0.229	150	0.1739	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4378-3.9344	0.2407	158	0.184	2669	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9344-4.9535	0.1895	133	0.1578	2681	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9535-30.5672	0.2458	143	0.1922	2764	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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