PDB-2yfq: Crystal structure of Glutamate dehydrogenase from Peptoniphilus a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yfq

タイトル

Crystal structure of Glutamate dehydrogenase from Peptoniphilus asaccharolyticus

要素

NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate catabolic process via 2-hydroxyglutarate / glutamate dehydrogenase / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / amino acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

PEPTONIPHILUS ASACCHAROLYTICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.94 Å

データ登録者

Oliveira, T. / Panjikar, S. / Carrigan, J.B. / Sharkey, M.A. / Hamza, M. / Engel, P.C. / Khan, A.R.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Nad-Dependent Peptoniphilus Asaccharolyticus Glutamate Dehydrogenase Reveals Determinants of Cofactor Specificity.
著者: Oliveira, T. / Panjikar, S. / Carrigan, J.B. / Hamza, M. / Engel, P.C. / Khan, A.R.

履歴

登録	2011年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月29日	Group: Other
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yfq.cif.gz	317.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yfq.ent.gz	264.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yfq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yfq_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yfq_full_validation.pdf.gz	476.3 KB	表示
XML形式データ	2yfq_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	2yfq_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3aog-2 2tmg-d 1gtm-1 3aog-1 1bvu-d 6yeh-d 1b26-d 1b3b-d 1euz-d 3k92-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

B: NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

93.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

B: NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

B: NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

B: NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.314, 153.314, 318.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	18 - 195	18 - 195
2	1	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	18 - 195	18 - 195
1	2	ARG	ARG	GLN	GLN	A	A	200 - 218	200 - 218
2	2	ARG	ARG	GLN	GLN	B	B	200 - 218	200 - 218
1	3	PHE	PHE	ASN	ASN	A	A	226 - 247	226 - 247
2	3	PHE	PHE	ASN	ASN	B	B	226 - 247	226 - 247
1	4	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	315 - 324	315 - 324
2	4	ALA	ALA	GLY	GLY	B	B	315 - 324	315 - 324
1	5	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	330 - 418	330 - 418
2	5	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	330 - 418	330 - 418

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.5389, 0.8423, -0.004902), (0.8423, 0.539, 0.01035), (0.01136, 0.001447, -0.9999)
ベクター: 0.2691, -0.6707, 158.9)

#1: タンパク質	NAD-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE / PADGH / NAD-GDH 分子量: 46564.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PEPTONIPHILUS ASACCHAROLYTICUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28997, glutamate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200 MM NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97862
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月15日
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.94→50 Å / Num. obs: 58934 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 72.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.94→3.01 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.94→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 36.004 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.831 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28693	1015	3.4 %	RANDOM
R_work	0.24235	-	-	-
obs	0.24389	29106	97.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.616 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	0.21 Å²	0 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.94→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6082	0	20	6	6108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	6216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.96	8412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.94	5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.422	24.764	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.666	15	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.773	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	913
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.443	1.5	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.755	2.5	6232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.42	5	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.274	10	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1272	tight positional	0.03	0.05
2	B	1272	tight positional	0.03	0.05
1	A	1188	medium positional	0.09	0.5
2	B	1188	medium positional	0.09	0.5
1	A	1272	tight thermal	0.21	1.5
2	B	1272	tight thermal	0.21	1.5
1	A	1188	medium thermal	0.41	2.5
2	B	1188	medium thermal	0.41	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.943→3.018 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	68	-
R_work	0.309	1955	-
obs	-	-	92.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1898	-0.404	1.2417	1.9071	-0.3191	4.0003	0.1465	0.3092	0.5929	-0.1627	0.0021	-0.3267	-1.1116	0.8186	-0.1487	0.5437	-0.2719	0.2569	0.3024	-0.0831	0.4781	13.7572	22.2816	68.7998
2	1.9654	0.914	0.0737	1.4281	-0.6582	3.762	0.1887	0.1252	0.0833	-0.1512	0.1095	-0.2302	-0.3096	0.9295	-0.2982	0.1591	-0.1312	0.1347	0.3409	-0.1467	0.3455	15.8853	7.1837	65.0838
3	27.377	-12.5515	2.3373	8.2726	-7.7074	17.6894	1.1709	1.982	-0.7914	-0.0603	-1.5741	0.1051	-1.4334	1.4544	0.4032	1.2734	-0.8825	0.2214	1.1742	0.0375	0.549	16.7889	22.6535	36.9153
4	2.4126	1.7385	-1.5078	4.3966	-2.1778	4.1384	0.0961	0.5317	0.4386	-0.016	-0.0387	-0.316	-1.2602	1.2827	-0.0574	0.7717	-0.5764	0.1487	0.9799	0.1049	0.4919	22.1707	25.3418	43.4592
5	1.1052	0.8498	-0.3446	1.2159	-0.3615	3.544	0.0518	0.5204	0.3372	-0.2005	0.312	-0.0003	-1.0941	0.1624	-0.3638	0.5714	-0.0358	0.1153	0.3434	0.1104	0.431	2.7344	18.7775	50.5938
6	3.0302	-0.3913	1.4568	2.5418	-0.7493	4.2384	-0.0486	-0.3254	0.6867	0.2718	0.1914	-0.3828	-1.3618	0.479	-0.1428	0.6826	-0.234	0.2197	0.2519	-0.2239	0.4899	11.4019	23.6937	90.2677
7	0.8429	0.8885	-0.1008	2.1174	0.1596	4.7575	0.261	-0.2209	0.1771	0.2426	0.2342	0.0011	-1.1148	-0.1862	-0.4952	0.4441	0.0311	0.1911	0.2748	-0.0794	0.3593	-2.5617	17.1782	93.9849
8	30.4756	-3.6147	-8.1476	1.2644	-1.8517	11.8557	0.9492	-4.4533	-0.9818	0.3463	0.1923	0.6334	-1.7607	2.4181	-1.1415	2.332	-0.8212	0.4923	1.2509	-0.4905	0.7386	10.0911	26.1205	122.2861
9	2.2707	1.9474	1.3898	5.5959	1.9696	3.3045	0.1144	-0.339	0.717	0.7278	0.0257	-0.0436	-1.0141	0.2518	-0.1401	1.3482	-0.1705	0.1246	0.5622	-0.3067	0.6274	10.1306	33.6437	117.0602
10	2.7517	0.5788	-0.8698	1.0799	-0.4328	3.4953	0.1872	-0.7621	0.1795	0.5166	0.1173	-0.3153	-0.5685	0.6991	-0.3045	0.4766	-0.0926	-0.0166	0.475	-0.2144	0.4397	13.0487	12.1132	107.8091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	200 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	228 - 360
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	361 - 418
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	5 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	120 - 199
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	200 - 227
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	228 - 354
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	355 - 418

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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