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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yex | ||||||
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タイトル | Synthesis and evaluation of triazolones as checkpoint kinase 1 inhibitors | ||||||
要素 | SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / CELL CYCLE / CHK | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / Activation of ATR in response to replication stress / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / Activation of ATR in response to replication stress / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / condensed nuclear chromosome / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of cell cycle / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by SCF-KIT / G2/M transition of mitotic cell cycle / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of cell population proliferation / DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / chromatin remodeling / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / chromatin / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Read, J.A. / Breed, J. / Haye, H. / McCall, E. / Vallentine, A. / White, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012 タイトル: Synthesis and Evaluation of Triazolones as Checkpoint Kinase 1 Inhibitors. 著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Brassil, P. / Breed, J. / Ezhuthachan, J. / Deng, C. / Grondine, M. / Horn, C. / Liu, D. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Pass, M. / Read, J. / Su, M. / Toader, D. / Yu, D. ...著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Brassil, P. / Breed, J. / Ezhuthachan, J. / Deng, C. / Grondine, M. / Horn, C. / Liu, D. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Pass, M. / Read, J. / Su, M. / Toader, D. / Yu, D. / Yu, Y. / Zabludoff, S. #1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010 タイトル: Discovery of a Novel Class of Triazolones as Checkpoint Kinase Inhibitors--Hit to Lead Exploration. 著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Ezhuthachan, J. / Haye, H. / Horn, C. / Janetka, J. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Otterbien, L. / Pass, M. / Read, J. / Roswell, S. ...著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Ezhuthachan, J. / Haye, H. / Horn, C. / Janetka, J. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Otterbien, L. / Pass, M. / Read, J. / Roswell, S. / Su, M. / Toader, D. / Yu, D. / Yu, Y. / Valentine, A. / Webborn, P. / White, A. / Zabludoff, S. / Zheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yex.cif.gz | 141.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yex.ent.gz | 111.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/2yex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/2yex | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31840.738 Da / 分子数: 1 / 断片: CHK1KD, RESIDUES 1-276 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-YEX / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.265 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.265 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→25 Å / Num. obs: 62083 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 34.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→24.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.359 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.814 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.92 Å
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拘束条件 |
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