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- PDB-2yb8: Crystal structure of Nurf55 in complex with Su(z)12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yb8
タイトルCrystal structure of Nurf55 in complex with Su(z)12
要素
  • POLYCOMB PROTEIN SU(Z)12
  • PROBABLE HISTONE-BINDING PROTEIN CAF1
キーワードTRANSCRIPTION / HISTONE METHLYATION / CHROMATIN REMODELLING / P55 / RBBP4 / RBBP7 / RBAP46 / RBAP48 / PRC2 / H4 / H3K27 / H3K4 / WD40 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of response to gamma radiation / G0 and Early G1 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / Neddylation / eggshell chorion gene amplification / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / HATs acetylate histones ...negative regulation of response to gamma radiation / G0 and Early G1 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / Neddylation / eggshell chorion gene amplification / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / HATs acetylate histones / Myb complex / Oxidative Stress Induced Senescence / segment specification / CAF-1 complex / polytene chromosome / facultative heterochromatin formation / NURF complex / NuRD complex / nucleosome organization / DNA replication-dependent chromatin assembly / ESC/E(Z) complex / RSC-type complex / histone methyltransferase complex / Sin3-type complex / regulation of mitotic cell cycle / neurogenesis / chromatin DNA binding / heterochromatin formation / histone deacetylase binding / chromatin organization / histone binding / transcription regulator complex / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / : / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger C2H2 type domain signature. / G-protein beta WD-40 repeat ...Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / : / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger C2H2 type domain signature. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin assembly factor 1 p55 subunit / Polycomb protein Su(z)12
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schmitges, F.W. / Prusty, A.B. / Faty, M. / Stutzer, A. / Lingaraju, G.M. / Aiwazian, J. / Sack, R. / Hess, D. / Li, L. / Zhou, S. ...Schmitges, F.W. / Prusty, A.B. / Faty, M. / Stutzer, A. / Lingaraju, G.M. / Aiwazian, J. / Sack, R. / Hess, D. / Li, L. / Zhou, S. / Bunker, R.D. / Wirth, U. / Bouwmeester, T. / Bauer, A. / Ly-Hartig, N. / Zhao, K. / Chan, H. / Gu, J. / Gut, H. / Fischle, W. / Muller, J. / Thoma, N.H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Histone Methylation by Prc2 is Inhibited by Active Chromatin Marks.
著者: Schmitges, F.W. / Prusty, A.B. / Faty, M. / Stutzer, A. / Lingaraju, G.M. / Aiwazian, J. / Sack, R. / Hess, D. / Li, L. / Zhou, S. / Bunker, R.D. / Wirth, U. / Bouwmeester, T. / Bauer, A. / ...著者: Schmitges, F.W. / Prusty, A.B. / Faty, M. / Stutzer, A. / Lingaraju, G.M. / Aiwazian, J. / Sack, R. / Hess, D. / Li, L. / Zhou, S. / Bunker, R.D. / Wirth, U. / Bouwmeester, T. / Bauer, A. / Ly-Hartig, N. / Zhao, K. / Chan, H. / Gu, J. / Gut, H. / Fischle, W. / Muller, J. / Thoma, N.H.
履歴
登録2011年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYCOMB PROTEIN SU(Z)12
B: PROBABLE HISTONE-BINDING PROTEIN CAF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6495
ポリマ－49,3612
非ポリマー2883
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-49.6 kcal/mol
Surface area16050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.031, 87.189, 99.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド POLYCOMB PROTEIN SU(Z)12 / SUPPRESSOR 12 OF ZESTE PROTEIN / SUZ12


分子量: 1598.907 Da / 分子数: 1 / 断片: NURF55 BINDING EPITOPE, RESIDUES 79-91 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PRODUCT OF SUBTILIN PROTEOLYSIS
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NJG9
#2: タンパク質 PROBABLE HISTONE-BINDING PROTEIN CAF1 / CHROMATIN ASSEMBLY FACTOR 1 P55 SUBUNIT / CAF-1 P55 SUBUNIT / NUCLEOSOME-REMODELING FACTOR 55 KDA ...CHROMATIN ASSEMBLY FACTOR 1 P55 SUBUNIT / CAF-1 P55 SUBUNIT / NUCLEOSOME-REMODELING FACTOR 55 KDA SUBUNIT / NURF-55 / DCAF-1 / NURF55


分子量: 47761.629 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-418 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q24572
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細STARTING MATERIAL FOR CRYSTALLIZATION INCLUDED RESIDUES 64-359 OF SU(Z)12 BEFORE PROTEOLYSIS BUT ...STARTING MATERIAL FOR CRYSTALLIZATION INCLUDED RESIDUES 64-359 OF SU(Z)12 BEFORE PROTEOLYSIS BUT PROTEIN WAS TREATED WITH 0.01 PERCENT SUBTILISIN PRIOR TO CRYSTALLIZATION. THUS MOST OF SUZ12 IS NOT PRESENT IN THE CRYSTAL STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM POTASSIUM ACETATE, 2.1 M AMMONIUM SULFATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00069
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00069 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 20984 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.6 % / Biso Wilson estimate: 40.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 43.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→24.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9498 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9431 / SU R Cruickshank DPI: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.265 / SU Rfree Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 1073 5.11 %RANDOM
Rwork0.1735 ---
obs0.1748 20982 99.34 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6104 Å20 Å20 Å2
2--0.5477 Å20 Å2
3----1.1581 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3072 0 15 144 3231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.114327HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1417SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes449HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3167HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion418SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3564SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.41 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 152 5.76 %
Rwork0.189 2485 -
all0.1906 2637 -
obs--99.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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