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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y6n | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF LINEAR GRAMICIDIN D OBTAINED USING TYPE I CRYSTALS GROWN IN A 8.8 MONOACYLGLYCEROL LIPID CUBIC PHASE. | |||||||||
要素 | VAL-GRAMICIDIN A | |||||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / ION CHANNEL / MESOPHASE / SPONGE PHASE | |||||||||
機能・相同性 | GRAMICIDIN A / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | |||||||||
データ登録者 | Hoefer, N. / Aragao, D. / Caffrey, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2011 タイトル: Membrane Protein Crystallization in Lipidic Mesophases. Hosting Lipid Effects on the Crystallization and Structure of a Transmembrane Peptide 著者: Hoefer, N. / Aragao, D. / Lyons, J. / Caffrey, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y6n.cif.gz | 63.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y6n.ent.gz | 49.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y6n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1882.294 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 詳細: GRAMICIDIN A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 0). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16). 由来: (天然) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00243, GRAMICIDIN A #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-P4C / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % 解説: DATA WERE COLLECTED USING A COLLIMATED MINIBEAM WITH A 10 MICRON BEAMSIZE |
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結晶化 | 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 30 %(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 8000, 0.2 M NH4SO4, LIPIDIC CUBIC PHASE OF 8.8 MAG (SN-1-O-(CIS-8)HEXADECENYLGLYCEROL) WAS USED IN A RATIO OF 1:20 (MOL/MOL) GRAMICIDIN D TO 8.8 MAG. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月22日 / 詳細: SI(111) DOUBLE CRYSTAL |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→30.15 Å / Num. obs: 28320 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.29 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 76.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Y5M 解像度: 1.26→30.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.027 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 15P A1016 IN THIS ENTRY WAS NAMED PEG-A IN THE PRIMARY CITATION. RESIDUES 15P A1017 AND 15P A1018 IN THIS ENTRY WERE NAMED PEG-B AND ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 15P A1016 IN THIS ENTRY WAS NAMED PEG-A IN THE PRIMARY CITATION. RESIDUES 15P A1017 AND 15P A1018 IN THIS ENTRY WERE NAMED PEG-B AND PEG-B' RESPECTIVELY IN THE PRIMARY CITATION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.441 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→30.15 Å
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拘束条件 |
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