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- PDB-2y65: Crystal structure of Drosophila melanogaster kinesin-1 motor doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y65
タイトルCrystal structure of Drosophila melanogaster kinesin-1 motor domain dimer-tail complex
要素(KINESIN HEAVY CHAIN) x 2
キーワードMOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament bundle organization / ovarian nurse cell to oocyte transport / anterograde dendritic transport / anterograde axonal transport of mitochondrion / mitochondrion distribution / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / eye photoreceptor cell differentiation / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / pole plasm oskar mRNA localization / oocyte dorsal/ventral axis specification ...actin filament bundle organization / ovarian nurse cell to oocyte transport / anterograde dendritic transport / anterograde axonal transport of mitochondrion / mitochondrion distribution / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / eye photoreceptor cell differentiation / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / pole plasm oskar mRNA localization / oocyte dorsal/ventral axis specification / larval locomotory behavior / pole plasm assembly / dorsal appendage formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / larval somatic muscle development / centrosome separation / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / transport along microtubule / microtubule sliding / actin cap / microtubule plus-end / plus-end-directed microtubule motor activity / axo-dendritic transport / kinesin complex / microtubule motor activity / microtubule-based movement / stress granule disassembly / nuclear migration / synaptic vesicle transport / dendrite morphogenesis / tropomyosin binding / intracellular distribution of mitochondria / microtubule polymerization / cytoskeletal motor activity / axon cytoplasm / dendrite cytoplasm / axonogenesis / axon guidance / microtubule binding / microtubule / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kaan, H.Y.K. / Hackney, D.D. / Kozielski, F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: The Structure of the Kinesin-1 Motor-Tail Complex Reveals the Mechanism of Autoinhibition.
著者: Kaan, H.Y.K. / Hackney, D.D. / Kozielski, F.
履歴
登録2011年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Structure summary
改定 1.22012年3月14日Group: Other
改定 1.32015年9月30日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KINESIN HEAVY CHAIN
B: KINESIN HEAVY CHAIN
C: KINESIN HEAVY CHAIN
D: KINESIN HEAVY CHAIN
W: KINESIN HEAVY CHAIN
X: KINESIN HEAVY CHAIN
Y: KINESIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,08715
ポリマ－169,2807
非ポリマー1,8068
水11,818656
1
A: KINESIN HEAVY CHAIN
Y: KINESIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子

A: KINESIN HEAVY CHAIN
Y: KINESIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5008
ポリマ－85,5974
非ポリマー9034
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
2
B: KINESIN HEAVY CHAIN
X: KINESIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子

B: KINESIN HEAVY CHAIN
X: KINESIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5008
ポリマ－85,5974
非ポリマー9034
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
3
C: KINESIN HEAVY CHAIN
D: KINESIN HEAVY CHAIN
W: KINESIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5877
ポリマ－83,6843
非ポリマー9034
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-16.4 kcal/mol
Surface area37290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.765, 190.714, 145.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9805, 0.0458, -0.1911), (0.02055, -0.94324, -0.33148), (-0.19543, -0.32894, 0.92391)
ベクター: 37.4737, 21.31671, 7.77144)
詳細OWING TO ITS AMINO ACID SEQUENCE, CHAINS X AND Y ARE ALMOST SYMMETRICAL, IN TERMS OF SIDE CHAIN PROPERTIES, ABOUT THE LYS 944 RESIDUE. THIS DISTINCTIVE FEATURE OF THE CHAINS X AND Y ALLOWS THEM TO BIND IN TWO DIRECTIONS BETWEEN THE DIMERS A-A' AND B-B', WHICH ALSO EXHIBIT TWO-FOLD SYMMETRY.

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要素

#1: タンパク質
KINESIN HEAVY CHAIN / KINESIN


分子量: 40885.301 Da / 分子数: 4 / 断片: MOTOR DOMAIN, RESIDUES 1-365 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS / 参照: UniProt: P17210
#2: タンパク質・ペプチド KINESIN HEAVY CHAIN / KINESIN


分子量: 1913.098 Da / 分子数: 3 / 断片: TAIL DOMAIN RESIDUES 937-952 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P17210
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4
詳細: 18% POLYETHYLENE GLYCOL-3350, 0.2M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES SODIUM PH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 80517 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 41.383 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y5W

2y5w


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.611 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. PSEUDOSYMMETRY IN THE CRYSTAL STRUCTURE, WHERE CHAINS X AND Y LIE ON THE TWO-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AXIS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25192 4044 5 %RANDOM
Rwork0.19503 ---
obs0.19787 76402 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10784 0 112 656 11552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02211292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7851.96615296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.97351435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.64524.813509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.417152032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0241564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.21750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.321.57019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.406211362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.54634273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7334.53909
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 279 -
Rwork0.242 5562 -
obs--99.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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