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万見
- PDB-1y1p: X-ray structure of aldehyde reductase with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y1p
タイトルX-ray structure of aldehyde reductase with NADPH
要素Aldehyde reductase II
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / short chain dehydrogenase reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NADP+) / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Aldehyde reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Sporidiobolus salmonicolor (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kamitori, S. / Kita, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: X-ray Structures of NADPH-dependent Carbonyl Reductase from Sporobolomyces salmonicolor Provide Insights into Stereoselective Reductions of Carbonyl Compounds
著者: Kamitori, S. / Iguchi, A. / Ohtaki, A. / Yamada, M. / Kita, K.
履歴
登録2004年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde reductase II
B: Aldehyde reductase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,25611
ポリマ－74,4502
非ポリマー1,8069
水13,205733
1
A: Aldehyde reductase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1586
ポリマ－37,2251
非ポリマー9335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aldehyde reductase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0995
ポリマ－37,2251
非ポリマー8734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.000, 83.391, 148.324
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aldehyde reductase II / ARII


分子量: 37225.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sporidiobolus salmonicolor (酵母) / プラスミド: pUCAR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9UUN9, alcohol dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 742分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / β-NMN


分子量: 335.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 32% (w/v) polyethylene glycol 2000 MME, 100mM ammonium sulfate and 200mM sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A11
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A20.9789
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年10月21日
ADSC QUANTUM 42CCD
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97891
反射解像度: 1.6→74.16 Å / Num. all: 84533 / Num. obs: 84533 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→74.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2192638.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 8508 10.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.22 84533 --
obs0.217 84533 93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.7925 Å2 / ksol: 0.343688 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.04 Å20 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3----2.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→74.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5251 0 110 733 6094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.562.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 1516 10.1 %
Rwork0.232 13427 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4NADPH.PARAMNADPH.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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