PDB-2y41: Structure of Isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y41

タイトル

Structure of Isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus - complex with IPM and MN

要素

3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LEUB / LEUCINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Graczer, E. / merlin, A. / Singh, R.K. / Manikandan, K. / Zavodsky, P. / Weiss, M.S. / Vas, M.

引用

ジャーナル: Mol.Biosyst. / 年: 2011
タイトル: Atomic Level Description of the Domain Closure in a Dimeric Enzyme: Thermus Thermophilus 3-Isopropylmalate Dehydrogenase.
著者: Graczer, E. / Merli, A. / Singh, R.K. / Karuppasamy, M. / Zavodszky, P. / Weiss, M.S. / Vas, M.

履歴

登録	2011年1月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y41.cif.gz	274.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y41.ent.gz	224.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y41_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y41_full_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示
XML形式データ	2y41_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	2y41_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y3zC 2y40C 2y42C 2y3xS 1dpz 1dr0 1dr8 1g2u 1gc8 1gc9 1hex 1ipd 1osi 1osj 1xaa 1xab 1xac 1xad C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1w0d-1 4z60-1 6sxn-1 7lbj-d 1wtj-d 5dc8-d 5z06-2 4z5y-1 5dc7-d 3zmb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

B: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

77.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.240, 146.330, 175.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / 3-IPM-DH / BETA-IPM DEHYDROGENASE / IMDH / IPMDH 分子量: 38398.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: ADDITIONAL AMINO ACIDS- N-TERMINAL MAS. C- TERMINAL AAALEHHHHHH 由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SIY4, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IPM / 3-ISOPROPYLMALIC ACID / (2R,3S)-3-イソプロピル-D-リンゴ酸分子量: 176.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₂O₅
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG-4000, 10% 2-PROPANOL, 0.1 M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→99 Å / Num. obs: 33360 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 48.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y3X

2y3x

解像度: 2.2→28.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 11.755 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22444	1053	3.2 %	RANDOM
R_work	0.18561	-	-	-
obs	0.18682	32255	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.643 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5202	0	28	203	5433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	1.994	7282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.3	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.848	22.884	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.676	15	871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.092	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.022	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.659	1.5	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.198	2.5	5518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.985	5	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.475	10	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	66	-
R_work	0.205	2324	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2153	0.0468	0.8321	2.3135	-0.2064	4.5791	0.0309	-0.1213	0.2617	-0.043	-0.0365	0.096	-0.381	-0.1308	0.0056	0.1001	0.02	-0.026	0.0586	-0.0421	0.1644	-12.1438	-19.5848	18.4728
2	7.2619	-2.2268	7.4103	8.7974	0.1501	8.2857	-0.1668	0.2918	0.145	-0.4051	0.1402	-0.406	-0.2811	0.3716	0.0266	0.2016	0.013	-0.0182	0.0387	-0.0155	0.0503	-12.5811	-33.184	1.6893
3	1.3442	-0.4052	0.4369	2.3829	0.1641	1.6057	-0.0362	-0.1864	0.0144	0.2417	0.0064	0.0067	-0.0659	-0.2637	0.0298	0.0393	0.0046	-0.0085	0.0812	-0.0175	0.0211	-4.0545	-37.0662	23.8568
4	1.6191	0.22	-0.0414	1.9111	0.6833	3.3183	-0.0047	-0.2154	-0.1299	0.2556	-0.1046	-0.2573	0.1344	0.2691	0.1093	0.0357	-0.0038	-0.032	0.0741	0.0285	0.0722	6.3113	-43.3644	23.2893
5	5.3094	2.0191	-2.3365	3.5633	-2.0516	4.7301	0.1131	-0.2781	0.2829	0.2696	0.1053	0.4333	-0.0023	-0.359	-0.2184	0.0965	0.0174	0.0171	0.1538	-0.0475	0.0897	-13.255	-27.3525	31.6492
6	4.9025	0.1589	-0.231	3.6757	0.6345	2.4607	0.1846	-0.3817	-0.8967	0.223	-0.1789	-0.2648	0.5181	0.0658	-0.0056	0.4022	0.0283	-0.0287	0.0967	0.0285	0.3479	3.6367	-77.3093	17.1851
7	12.1441	-0.0206	3.6628	12.1136	-5.7241	8.3642	-0.0505	-0.1669	0.4688	0.6296	-0.2092	-0.7394	-0.6182	0.828	0.2597	0.1764	0.0221	0.0223	0.1973	0.0004	0.3127	16.3632	-59.0287	15.1272
8	0.7859	-0.9507	0.5861	5.6827	0.6897	1.0962	0.0019	-0.046	-0.3387	0.7379	-0.0503	0.3479	0.3331	-0.2201	0.0484	0.1934	-0.1064	0.178	0.0974	-0.1609	0.5146	-7.0922	-60.33	17.7477
9	2.1082	0.1564	0.0349	2.5761	0.4559	2.1962	-0.0303	0.1497	-0.2313	0.0046	-0.2038	0.4598	0.1829	-0.4799	0.2342	0.0507	-0.0388	0.0246	0.1235	-0.0911	0.1326	-13.0925	-52.4992	10.4425
10	4.7751	-0.4877	-2.1739	3.0346	-0.557	6.4822	-0.0323	-1.0014	-0.6989	0.7945	0.0222	0.4111	0.483	0.0058	0.0101	0.4823	-0.0911	0.1421	0.273	0.0896	0.3912	-7.7213	-73.2609	25.897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	78 - 84
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	88 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	150 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	255 - 345
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	78 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	88 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	150 - 250
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	255 - 345

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)