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Yorodumi- PDB-4z60: The 2.5-angstrom of crystal structure of Zn(2+)-bound PqqB from P... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z60 | ||||||
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Title | The 2.5-angstrom of crystal structure of Zn(2+)-bound PqqB from Pseudomonas Putida | ||||||
Components | Coenzyme PQQ synthesis protein B | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PqqB / PQQ / metallo-beta-lactamase / beta-lactamase / Pyrroloquinoline quinone | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Tu, X. / Wilmot, C.M. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structures reveal metal-binding plasticity at the active site of PqqB Authors: Tu, X. / Wimot, C.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z60.cif.gz | 136.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4z60.ent.gz | 105.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z60.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z60 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33985.508 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (strain KT2440) (bacteria) Strain: KT2440 / Gene: pqqB, PP_0379 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q88QV5 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.7 Details: 11% PEG4000, 0.2M NaCl, 40uM ZnCl2, 0.1M Bis-Tris Propane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 108 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→30 Å / Num. obs: 14603 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.938 / Net I/av σ(I): 20.283 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 126826 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→29.311 Å / FOM work R set: 0.8739 / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / Phase error: 19.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.09 Å2 / Biso mean: 41.31 Å2 / Biso min: 11.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→29.311 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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