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Yorodumi- PDB-4z5z: The 2.5-angstrom crystal structure of Mg(2+)-bound PqqB from Pseu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z5z | ||||||
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Title | The 2.5-angstrom crystal structure of Mg(2+)-bound PqqB from Pseudomonas Putida | ||||||
Components | Coenzyme PQQ synthesis protein B | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PqqB / PQQ / metallo-beta-lactamase / beta-lactamase / Pyrroloquinoline quinone | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.54 Å | ||||||
Authors | Tu, X. / Wilmot, C.M. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structures reveal metal-binding plasticity at the active site of PqqB Authors: Tu, X. / Wilmot, C.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z5z.cif.gz | 134 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4z5z.ent.gz | 103.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z5z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/4z5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/4z5z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33985.508 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (strain KT2440) (bacteria) Strain: KT2440 / Gene: pqqB, PP_0379 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q88QV5 |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Chemical | ChemComp-MLT / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.7 Details: 11% PEG4000, 0.2M NaCl, 1mM MgCl2, 1mM Malic acid, 0.1M Bis-Tris Propane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 108 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.54→30 Å / Num. obs: 13539 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 32.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 0.834 / Net I/av σ(I): 9.441 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 84784 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.54→23.894 Å / FOM work R set: 0.8495 / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / Phase error: 21.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.48 Å2 / Biso mean: 45.56 Å2 / Biso min: 18.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.54→23.894 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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