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万見
- PDB-2y3i: The structure of the fully closed conformation of human PGK in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y3i
タイトルThe structure of the fully closed conformation of human PGK in complex with L-ADP, 3PG and the TSA aluminium tetrafluoride
要素PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1
キーワードTRANSFERASE / AIDS / HEPATITIS / CANCER / L-NUCLEOSIDE ANALOGUES / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / plasminogen activation / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis ...Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / plasminogen activation / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / cellular response to hypoxia / membrane raft / phosphorylation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / TETRAFLUOROALUMINATE ION / L-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphoglycerate kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bowler, M.W. / Chaloin, L. / Lionne, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Interaction of Human 3-Phosphoglycerate Kinase with its Two Substrates: Is Substrate Antagonism a Kinetic Advantage?
著者: Lallemand, P. / Chaloin, L. / Roy, B. / Barman, T. / Bowler, M.W. / Lionne, C.
履歴
登録2010年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月23日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.42019年1月23日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_biol / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1
D: PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,70712
ポリマ－89,1552
非ポリマー1,55210
水28816
1
A: PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3536
ポリマ－44,5781
非ポリマー7765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3536
ポリマ－44,5781
非ポリマー7765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.419, 103.877, 203.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLYSLYSAA2 - 1903 - 191
21METMETLYSLYSDB2 - 1903 - 191
12LEULEUGLUGLUAA200 - 400201 - 401
22LEULEUGLUGLUDB200 - 400201 - 401

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.998, 0.057, -0.031), (-0.04, -0.161, 0.986), (0.051, 0.985, 0.163)
ベクター: -0.84352, 0.19666, -0.25967)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1 / PHOSPHOGLYCERATE KINASE / CELL MIGRATION-INDUCING GENE 10 PROTEIN / PRIMER RECOGNITION PROTEIN 2 / PRP 2


分子量: 44577.500 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00558, phosphoglycerate kinase

-
非ポリマー , 6種, 26分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-LA8 / L-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / L-ADP / 9-[5-O-[(ホスホノオキシ)ヒドロキシホスフィニル]-β-L-リボフラノシル]-9H-プリン-6-アミン


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#6: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE (LA8): THIS IS THE L-ENANTIOMER OF ADP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
解説: DATA WERE COLLECTED FROM 10UM NEEDLE USING A HELICAL DATA COLLECTION STRATEGY IN AN AREA DEFINED BY DIFFRACTION CARTOGRAPHY
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 26% PEG 2000MME, 0.1 M BIS/TRIS PH 6.5 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月3日 / 詳細: KB
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.24 Å / Num. obs: 17028 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0085精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WZC

2wzc


解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 38.264 / SU ML: 0.569 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.58 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30322 840 5 %RANDOM
Rwork0.26266 ---
obs0.2647 16087 89.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2---3.12 Å20 Å2
3---3.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6204 0 90 16 6310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0190.024338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.9948622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.375310682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7835826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.74825.714238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.306151160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5251522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4953 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.080.05
2Dtight positional0.080.05
1Atight thermal10.330.5
2Dtight thermal10.330.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 65 -
Rwork0.385 1262 -
obs--98.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.39981.0430.03494.87171.73472.8640.1795-0.7142-1.36731.3660.9879-2.63961.21091.3764-1.16740.79170.5727-0.8620.9705-0.51111.64643.414-3.575.337
20.49610.11840.53880.34130.19372.58750.1409-0.1567-0.10980.3040.0671-0.140.39170.2964-0.2080.3710.0311-0.14520.3238-0.08130.2708-5.628-10.54531.901
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2A190 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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