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万見
- PDB-5zbl: Crystal structure of type-I LOG from Corynebacterium glutamicum i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zbl
タイトルCrystal structure of type-I LOG from Corynebacterium glutamicum in complex with AMP
要素Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase activity / : / cytokinin biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase LOG / LOG family / Possible lysine decarboxylase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seo, H. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Environ. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Structural insight into molecular mechanism of cytokinin activating protein from Pseudomonas aeruginosa PAO1.
著者: Seo, H. / Kim, K.J.
履歴
登録2018年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年9月16日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
B: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
D: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,24320
ポリマ－90,3284
非ポリマー1,91516
水1,35175
1
A: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
B: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,10413
ポリマ－45,1642
非ポリマー94111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area16670 Å2
手法PISA
2
C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
D: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1387
ポリマ－45,1642
非ポリマー9755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.153, 70.714, 190.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase


分子量: 22581.900 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cg2612 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8NN34, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ethylene glycol, sodium phosphate dibasic titrated with citric acid to pH 4.2, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月21日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→95.4 Å / Num. obs: 41734 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 37.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.394 / Num. unique obs: 2002 / CC1/2: 0.671 / Rpim(I) all: 0.157

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ITS

5its


解像度: 2.3→95.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.539 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2592 2025 4.9 %RANDOM
Rwork0.1962 ---
obs0.1994 39686 96.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.18 Å2 / Biso mean: 51.467 Å2 / Biso min: 25.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.33 Å20 Å2
3---2.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→95.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5668 0 118 75 5861
Biso mean--68.87 48.24 -
残基数----733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.9837970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.996312814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3425726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96624.385244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.834151001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6571528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021188
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.358 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 122 -
Rwork0.315 2709 -
all-2831 -
obs--88.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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