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万見
- PDB-2y36: Crystal structure analysis of the anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y36
タイトルCrystal structure analysis of the anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)- acetyl murine germline antibody BBE6.12H3 Fab fragment in complex with a phage display derived dodecapeptide DLWTTAIPTIPS
要素
  • (ANTI-NP MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY BBE6.12H3) x 2
  • DODECAPEPTIDE (DLWTTAIPTIPS)
キーワードIMMUNE SYSTEM / BETA-SANDWICH IMMUNOGLOBULIN FOLD / ANTIGEN BINDING / SECRETED PROTEIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Khan, T. / Salunke, D.M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Structural Elucidation of the Mechanistic Basis of Degeneracy in the Primary Humoral Response.
著者: Khan, T. / Salunke, D.M.
履歴
登録2010年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Other
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ANTI-NP MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY BBE6.12H3
L: ANTI-NP MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY BBE6.12H3
P: DODECAPEPTIDE (DLWTTAIPTIPS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4943
ポリマ－47,4943
非ポリマー00
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-31.5 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.010, 63.620, 113.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 ANTI-NP MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY BBE6.12H3


分子量: 23640.480 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, RESIDUE 1-220 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-CELLS / 細胞株: ANTI-NP MURINE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: C57BL/6
#2: 抗体 ANTI-NP MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY BBE6.12H3


分子量: 22538.885 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, RESIDUES 1-211 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-CELLS / 細胞株: ANTI-NP MURINE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: C57BL/6
#3: タンパク質・ペプチド DODECAPEPTIDE (DLWTTAIPTIPS)


分子量: 1314.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.15 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.1
詳細: 0.05M TRIS HCL, 0.025% SODIUM AZIDE, PEG 3350., pH 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月28日 / 詳細: BENT COLLIMATING MIRROR AND TOROID
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 11098 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.7→8.5 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE FAB

解像度: 2.7→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1553445.18 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: IN CHAIN H, RESIDUES 136-140 COULD NOT BE MODELLED OWING TO MISSING ELECTRON DENSITY. IN CHAIN P, SIDECHAINS OF RESIDUES 9, 11, AND 12 COULD NOT BE MODELLED OWING TO MISSING ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 1081 9.7 %RANDOM
Rwork0.2305 ---
obs0.2305 9995 90.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 45.0508 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.165 Å20 Å2-1.132 Å2
2--26.388 Å20 Å2
3----14.223 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3294 0 0 99 3393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009918
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.96434
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 187 11.4 %
Rwork0.3 1456 -
obs--90.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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