PDB-2xyt: Crystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with d-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xyt

タイトル

Crystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with d- tubocurarine

要素

SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

キーワード

RECEPTOR / AMIDATION / CONFORMATIONAL FLEXIBILITY / CONOTOXIN / NEUROTOXIN NICOTINIC / POSTSYNAPTIC NEUROTOXIN / RECEPTOR-TOXIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / neuron projection / synapse / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Brams, M. / Pandya, A. / Kuzmin, D. / van Elk, R. / Krijnen, L. / Yakel, J.L. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Ulens, C.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: A Structural and Mutagenic Blueprint for Molecular Recognition of Strychnine and D-Tubocurarine by Different Cys-Loop Receptors.
著者: Brams, M. / Pandya, A. / Kuzmin, D. / Van Elk, R. / Krijnen, L. / Yakel, J.L. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Ulens, C.

履歴

登録	2010年11月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xyt.cif.gz	871.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xyt.ent.gz	735.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xyt_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xyt_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	2xyt_validation.xml.gz	92.1 KB	表示
CIF形式データ	2xyt_validation.cif.gz	129.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xysC 2uz6S 2br7 2br8 2byn 2byp 2byq 2byr 2bys 2c9t 2w8f 2w8g 2wn9 2wnc 2wnj 2wnl 2wzy 2x00 2xnt 2xnu 2xnv 2y7y S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xnv-1 2xnt-1 2xnv-2 2xnu-d 2w8f-1 5oan-d 5oal-2 5oal-1 2w8g-d 2w8f-2 5oaj-2 4zjs-d 5obh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

250 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 5 ポリマー
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2

F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.423, 137.595, 236.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.029, -0.004), (-0.024, 0.725, 0.689), (-0.017, 0.689, -0.725)
ベクター: 52.963, 0.539, 0.403)

#1: タンパク質	SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR 分子量: 24688.578 Da / 分子数: 10 / 断片: RESIDUES 20-236 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物	ChemComp-TC9 / D-TUBOCURARINE 分子量: 610.739 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₂N₂O₆ / コメント: alkaloid*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.75 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 200 MM NA2 SO4, 100 MM BISTRISPROPANE PH 8.5, 15% PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→48.43 Å / Num. obs: 170800 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.683 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UZ6

2uz6

解像度: 2.05→45.539 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2201	8277	5 %
R_work	0.1759	-	-
obs	0.1782	165705	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.963 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.9359 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.2358 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.539 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16358	0	225	1510	18093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	18122
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092	24904
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.804	6793
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	2710
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.1233	0.2634	743	0.2049	14554	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1233-2.2083	0.2579	829	0.1867	15056	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2083-2.3088	0.257	771	0.1887	15176	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3088-2.4305	0.2337	800	0.1731	15590	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4305-2.5828	0.2344	804	0.1826	15860	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5828-2.7821	0.254	864	0.1888	15896	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7821-3.0621	0.2296	845	0.1773	16087	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0621-3.505	0.2167	868	0.1739	16211	X-RAY DIFFRACTION	100
3.505-4.4154	0.1849	861	0.1485	16335	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4154-45.5507	0.182	892	0.1547	16663	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8169	0.0509	0.1202	0.4698	-0.2291	1.1828	-0.057	0.0133	-0.067	-0.1268	0.0681	0.1518	0.0814	-0.1261	-0.0152	0.1353	-0.0663	-0.0413	0.1702	0.012	0.1876	0.6019	116.5875	35.0357
2	0.9999	-0.1387	0.2783	0.6562	-0.2414	0.8108	0.0014	-0.0312	-0.0522	-0.0037	0.0401	-0.0025	0.0585	0.0266	-0.0401	0.0781	-0.0051	0.0073	0.1282	0.0161	0.1408	21.2039	117.4998	52.1716
3	0.9737	0.1405	0.1955	0.596	0.2023	1.2586	-0.0384	0.0298	-0.1012	-0.1452	0.0406	-0.2291	0.154	0.1477	0.0238	0.0834	0.0423	0.0648	0.0847	0.0005	0.1221	44.1002	119.2004	37.9498
4	0.8187	-0.0581	-0.1754	1.1169	-0.2211	1.0651	-0.0977	0.1448	-0.047	-0.4735	0.0994	-0.0739	0.0922	0.0406	0.012	0.2983	-0.0123	0.1016	0.13	-0.0529	0.1083	37.263	118.7304	11.9188
5	0.896	-0.074	-0.0045	0.392	-0.1305	0.8768	-0.0915	0.1172	-0.0697	-0.4167	0.1314	0.1244	0.196	-0.1154	-0.0455	0.3975	-0.1026	-0.0667	0.1757	-0.0291	0.1234	10.5437	116.8389	10.0831
6	0.9719	-0.2208	-0.0896	0.9486	0.0479	1.1366	-0.0682	-0.0969	0.004	0.306	0.1127	-0.0309	-0.1266	-0.0332	-0.0322	0.3033	0.0288	-0.0101	0.1413	-0.0192	0.0291	54.6069	110.3617	108.4488
7	0.5464	-0.1275	-0.1501	0.7388	-0.2681	1.1107	-0.025	-0.02	0.0187	0.1137	0.0344	0.1399	-0.1137	-0.1089	-0.0226	0.1388	0.033	0.0247	0.1612	0.0259	0.1363	41.7141	110.6825	85.1353
8	0.6189	0.2786	-0.0907	1.0729	-0.0662	0.6263	-0.0234	0.0589	-0.0164	0.0141	0.0277	-0.109	-0.036	0.0122	0.0079	0.0738	-0.0124	-0.0133	0.1291	0.0355	0.1198	60.1635	109.3876	65.4736
9	0.5185	0.0432	0.0398	0.6195	0.0251	0.8723	-0.047	-0.0176	-0.0151	0.178	0.0254	-0.2635	-0.0486	0.1754	0.0173	0.0554	-0.0489	-0.0557	0.1393	0.0139	0.1691	84.5028	108.4201	77.1512
10	0.9195	-0.1102	0.0664	0.7899	-0.2507	1.1533	-0.0225	-0.1438	0.0188	0.3524	-0.0381	-0.1566	-0.1339	0.0906	0.0616	0.2359	-0.0619	-0.1352	0.1966	0.0093	0.1442	81.0728	108.7582	103.6387

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN J

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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