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万見
- PDB-2xv6: Crystal structure of the HIV-1 capsid protein C-terminal domain (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xv6
タイトルCrystal structure of the HIV-1 capsid protein C-terminal domain (146- 220) in complex with a camelid VHH.
要素
  • CAMELID VHH 9
  • CAPSID PROTEIN P24
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
VICUGNA PACOS (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Igonet, S. / Vaney, M.C. / Bartonova, V. / Helma, J. / Rothbauer, U. / Leonhardt, H. / Stura, E. / Krausslich, H.-G. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Targeting HIV-1 Virion Formation with Nanobodies -Implications for the Design of Assembly Inhibitors
著者: Igonet, S. / Vaney, M.C. / Bartonova, V. / Helma, J. / Rothbauer, U. / Leonhardt, H. / Stura, E. / Krausslich, H.-G. / Rey, F.A.
履歴
登録2010年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAMELID VHH 9
C: CAPSID PROTEIN P24
D: CAMELID VHH 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3394
ポリマ－43,3394
非ポリマー00
水5,999333
1
C: CAPSID PROTEIN P24
D: CAMELID VHH 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6692
ポリマ－21,6692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-8.6 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
2
A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAMELID VHH 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6692
ポリマ－21,6692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-7.4 kcal/mol
Surface area9650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.451, 60.118, 96.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CAPSID PROTEIN P24 / HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量: 8455.631 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-352 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: NL4-3 / プラスミド: PET11C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: P12497
#2: 抗体 CAMELID VHH 9


分子量: 13213.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VICUGNA PACOS (アルパカ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE VHH RESIDUES (CHAIN B AND D) ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT NUMBERING. 6XHISTIDINE C- ...THE VHH RESIDUES (CHAIN B AND D) ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT NUMBERING. 6XHISTIDINE C-TERMINAL EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.973 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年11月1日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→47.63 Å / Num. obs: 42152 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.69→1.78 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 82.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XT1

2xt1


解像度: 1.89→37.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9467 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9397 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.119
詳細: THE 6XHISTIDINE TAG AT THE C-TERMINUS IS DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1952 1563 5.07 %RANDOM
Rwork0.1748 ---
obs0.1759 30838 98.36 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3611 Å20 Å20.0996 Å2
2---0.0401 Å20 Å2
3----0.321 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.182 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→37.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2842 0 0 333 3175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012916HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.013940HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1038SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes77HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes424HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2916HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion381SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3600SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 128 4.82 %
Rwork0.1786 2529 -
all0.1811 2657 -
obs--98.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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