PDB-2xtm: Crystal structure of GDP-bound human GIMAP2, amino acid residues ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xtm

タイトル

Crystal structure of GDP-bound human GIMAP2, amino acid residues 1- 234

要素

GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / G PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid droplet / GTP binding / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schwefel, D. / Froehlich, C. / Daumke, O.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Oligomerization in Septin-Like Gtpase of Immunity-Associated Protein 2 (Gimap2)
著者: Schwefel, D. / Froehlich, C. / Eichhorst, J. / Wiesner, B. / Behlke, J. / Aravind, L. / Daumke, O.

履歴

登録	2010年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xtm.cif.gz	176.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xtm.ent.gz	140.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xtm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xtm_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xtm_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2xtm_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	2xtm_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xtnC 2xtoC 2xtpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jig-1 6ntt-1 6qgn-1 1ybw-2 4f6h-d 3srx-1 4gve-d 6ey7-3 6v3t-6 3m94-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 2

B: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 2

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.890, 61.810, 185.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 2 / GIMAP2 / IMMUNITY-ASSOCIATED PROTEIN 2 / HIMAP2 分子量: 25887.150 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9UG22
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.15 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 12.5% 2-PROPANOL, 30% GLYCEROL, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 54984 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→92.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.598 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	2807	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.182	52141	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→92.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3059	0	76	298	3433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.25	1.985	4442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.262	5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.448	25	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.158	15	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.552	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.617	1.5	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.166	2	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.015	3	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.252	4.5	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	200	-
R_work	0.223	3720	-
obs	-	-	97.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5937	0.0457	-0.1142	1.0904	-0.152	1.0594	0.0169	-0.0523	0.0404	0.0121	-0.0508	-0.1036	-0.0186	0.0809	0.0338	0.0221	-0.0008	-0.0202	0.0117	-0.0031	0.0524	-12.788	-3.3103	-36.3018
2	0.4518	0.002	0.1368	0.7306	-0.1416	1.1637	-0.0042	-0.0413	0.0397	-0.019	0.0089	0.0319	-0.0597	-0.057	-0.0047	0.0226	0.0042	-0.01	0.0079	-0.0119	0.0409	-22.776	-0.5122	-36.461
3	0.8283	-0.3338	-0.0475	1.0876	-0.594	1.4245	0.007	0.0151	0.0652	-0.1359	-0.0066	0.0248	0.0476	-0.0381	-0.0004	0.0603	-0.0029	-0.0137	0.0021	0.0009	0.0533	-21.3511	6.5082	-51.2746
4	0.9342	0.4414	-0.4598	1.1084	-0.5484	2.0776	0.0054	-0.0854	0.186	0.0668	-0.0749	-0.036	-0.2326	0.0376	0.0696	0.0438	-0.0036	-0.0166	0.0114	-0.0211	0.0917	-16.2786	11.1415	-34.7223
5	2.4017	0.7182	0.157	9.9327	5.3426	4.8078	0.0921	-0.5445	-0.1335	0.274	-0.117	-0.034	0.2085	-0.0313	0.0249	0.0758	-0.0225	-0.0165	0.155	0.0152	0.0178	3.2038	-3.8344	-8.7011
6	4.7326	1.5215	-0.7695	3.226	1.0706	1.592	0.1787	-1.0782	-0.411	0.684	-0.1536	-0.1641	0.3072	0.111	-0.0251	0.2733	-0.0438	-0.0705	0.4	0.1042	0.062	3.8812	-7.5015	-0.5675
7	4.6701	1.5851	-0.5972	1.9786	0.2523	3.0473	0.1821	-0.6402	-0.1236	0.0311	-0.0167	-0.2148	-0.0141	0.125	-0.1654	0.0655	0.0237	-0.0382	0.1857	-0.0423	0.0527	11.7991	-1.6986	-8.9004
8	2.5805	-0.0911	-0.3588	1.7872	1.0736	1.4146	0.1244	-0.4471	0.1936	0.1362	-0.061	-0.0693	-0.0496	0.0429	-0.0633	0.0619	-0.0316	0.0024	0.1356	-0.0573	0.0298	2.691	3.4391	-10.383
9	9.4094	-0.5887	-4.1355	7.9305	-3.8989	5.2885	0.2449	-0.2802	0.2363	0.4061	-0.078	0.432	-0.3425	-0.3214	-0.1669	0.1992	0.0193	0.0541	0.3782	-0.245	0.223	-12.101	12.7438	-2.4481
10	2.323	0.0454	-0.4381	1.1467	0.4432	0.927	0.1078	-0.3648	-0.05	0.0877	-0.1042	0.0623	0.0017	-0.0508	-0.0036	0.0368	-0.0243	-0.0016	0.1041	-0.0013	0.0102	-3.1143	-3.625	-13.2021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	93 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	139 - 184
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	185 - 227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	21 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	69 - 96
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	97 - 150
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	151 - 167
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	168 - 226

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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