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- PDB-2xrz: X-ray structure of archaeal class II CPD photolyase from Methanos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xrz
タイトルX-ray structure of archaeal class II CPD photolyase from Methanosarcina mazei in complex with intact CPD-lesion
要素
  • COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
  • CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
  • DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE
キーワードLYASE/DNA / LYASE-DNA COMPLEX / PHOTOLYASE / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / CLASS II / INTACT CPD-LESION / PROTEIN-DNA COMPLEX / WATER CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyase class 2 / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily ...DNA photolyase class 2 / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOSARCINA MAZEI (古細菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kiontke, S. / Geisselbrecht, Y. / Pokorny, R. / Carell, T. / Batschauer, A. / Essen, L.O.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of an Archaeal Class II DNA Photolyase and its Complex with Uv-Damaged Duplex DNA.
著者: Kiontke, S. / Geisselbrecht, Y. / Pokorny, R. / Carell, T. / Batschauer, A. / Essen, L.O.
履歴
登録2010年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE
B: DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE
C: CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
D: COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
E: CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
F: COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,19618
ポリマ－127,8996
非ポリマー2,29812
水11,440635
1
A: DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE
C: CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
D: COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,34312
ポリマ－63,9493
非ポリマー1,3949
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-34.8 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
2
B: DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE
E: CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
F: COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8536
ポリマ－63,9493
非ポリマー9043
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-14.5 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.700, 116.200, 168.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111HISHISVALVAL6AA2 - 18620 - 204
211HISHISVALVAL6BB2 - 18620 - 204
112LYSLYSTYRTYR6AA221 - 461239 - 479
212LYSLYSTYRTYR6BB221 - 461239 - 479
122FADFADFADFAD4AG998
222FADFADFADFAD4BP998

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE / CLASS II CPD PHOTOLYASE


分子量: 55123.480 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 3-464 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOSARCINA MAZEI (古細菌) / 株: GO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q8PYK9, deoxyribodipyrimidine photo-lyase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE


分子量: 4520.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: OLIGONUCLEOTIDE WITH A SYNTHETIC FORMACETAL- LINKED THYMINE DIMER
由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE


分子量: 4305.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 647分子

#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 377 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 377 TO THR
非ポリマーの詳細[(1R,3R,4S,9R,10S,12R,15AS,15BR,18BR,18CS)-10-HYDROXY-15A, 15B-DIMETHYL-13,15,16,18- ...[(1R,3R,4S,9R,10S,12R,15AS,15BR,18BR,18CS)-10-HYDROXY-15A, 15B-DIMETHYL-13,15,16,18-TETRAOXOHEXADECAHYDRO-8H-9, 12-EPOXY-1,4-METHANO-2,5,7-TRIOXA-12A,14,17, 18A-TETRAAZACYCLOHEXADECA[1,2,3, 4-DEF]BIPHENYLEN-3-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE (TT): SYNTHETIC CPD-LESION WITH FORMACETAL LINKAGE

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 10% (W/V) PEG 4000, 10% (V/V) GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.48 Å / Num. obs: 72130 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 35.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STRUCTURAL DATA OF NATIVE M. MAZEI PHOTOLYASE.

解像度: 2.2→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 11.385 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES A187-A197 AND B188-B220 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20819 1094 1.5 %SHELLS
Rwork0.17036 ---
obs0.17093 70962 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7125 1017 153 635 8930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228681
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3632.12211973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.952313733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.375900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2823.778360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.769151244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6831546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.461.54458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1131.51782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.88727158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.38934221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1774.54805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
21A71medium positional0.060.5
22B71medium positional0.060.5
11A2474loose positional0.515
12B2474loose positional0.515
21A3309loose positional0.545
22B3309loose positional0.545
21A71medium thermal0.572
22B71medium thermal0.572
11A2474loose thermal2.2710
12B2474loose thermal2.2710
21A3309loose thermal0.5110
22B3309loose thermal0.5110
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 73 -
Rwork0.25 5166 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42220.27890.09911.54520.09941.4054-0.08380.30490.3588-0.37280.1169-0.0011-0.18590.0527-0.03310.1043-0.04060.00310.11210.10030.2079-14.115827.0272-20.2772
20.88570.0881-0.09831.87380.3260.9472-0.015-0.02750.17850.05230.02240.09810.1126-0.0292-0.00740.0064-0.0018-0.00340.07230.00050.1107-21.601911.9319-1.3713
32.29581.8424-0.9633.1701-0.94691.5314-0.05220.1348-0.0645-0.04320.12410.04340.1496-0.123-0.07190.1171-0.0528-0.0080.02670.00480.0364-35.0473-28.4179-10.1222
41.73551.5522-0.41213.0457-0.80291.5034-0.39680.54750.0545-0.7430.50250.13390.2584-0.229-0.10570.3391-0.1642-0.00990.32180.01530.0253-27.9067-12.5513-30.5247
59.0282-1.177-1.27856.44911.69467.8991-0.4731-1.18710.77891.21380.7377-0.89880.750.8886-0.26450.27230.1659-0.1650.3169-0.15390.2193-2.58074.05110.6582
66.6912-0.211-0.56534.44561.01138.63210.05650.9577-0.7076-0.68920.0072-0.59871.02090.7825-0.06370.57560.02540.15910.5151-0.13660.1671-9.8652-15.9506-42.1444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2A198 - 998
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4B221 - 998
5X-RAY DIFFRACTION5C3 - 14
6X-RAY DIFFRACTION5D1 - 14
7X-RAY DIFFRACTION6E4 - 14
8X-RAY DIFFRACTION6F1 - 13

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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