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- PDB-6bh8: Crystal structure of ZMPSTE24 in complex with phosphoramidon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bh8
タイトルCrystal structure of ZMPSTE24 in complex with phosphoramidon
要素CAAX prenyl protease 1 homolog
キーワードHYDROLASE / Integral Membrane Protein / Zinc Metalloprotease / Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prenylated protein catabolic process / regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of termination of RNA polymerase I transcription / Ste24 endopeptidase / CAAX-box protein processing / inflammatory cell apoptotic process / regulation of hormone metabolic process / kidney morphogenesis / response to DNA damage checkpoint signaling ...prenylated protein catabolic process / regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of termination of RNA polymerase I transcription / Ste24 endopeptidase / CAAX-box protein processing / inflammatory cell apoptotic process / regulation of hormone metabolic process / kidney morphogenesis / response to DNA damage checkpoint signaling / cardiac ventricle development / nuclear envelope organization / growth plate cartilage development / maintenance of rDNA / regulation of fibroblast proliferation / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of cellular senescence / ventricular cardiac muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / cardiac conduction / regulation of TOR signaling / regulation of defense response to virus / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / metalloexopeptidase activity / regulation of bone mineralization / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / negative regulation of miRNA processing / nuclear inner membrane / cardiac muscle cell development / adult walking behavior / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / neuromuscular process / bone mineralization / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / regulation of multicellular organism growth / hair follicle development / heart morphogenesis / protein maturation / liver development / thymus development / determination of adult lifespan / cellular response to gamma radiation / multicellular organism growth / metalloendopeptidase activity / lipid metabolic process / late endosome membrane / regulation of cell shape / double-stranded DNA binding / early endosome membrane / endopeptidase activity / regulation of autophagy / DNA repair / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex / proteolysis / extracellular exosome / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
CAAX prenyl protease 1 / CAAX prenyl protease 1, N-terminal / CAAX prenyl protease N-terminal, five membrane helices / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain / Peptidase M48 / Peptidase family M48 / Zincin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORAMIDON / Chem-RDF / CAAX prenyl protease 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Goblirsch, B.R. / Arachea, B.T. / Wiener, M.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108612 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Phosphoramidon inhibits the integral membrane protein zinc metalloprotease ZMPSTE24.
著者: Goblirsch, B.R. / Arachea, B.T. / Councell, D.J. / Wiener, M.C.
履歴
登録2017年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAAX prenyl protease 1 homolog
B: CAAX prenyl protease 1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2608
ポリマ－111,4292
非ポリマー1,8316
水00
1
A: CAAX prenyl protease 1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6304
ポリマ－55,7151
非ポリマー9153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CAAX prenyl protease 1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6304
ポリマ－55,7151
非ポリマー9153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.329, 84.661, 132.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 CAAX prenyl protease 1 homolog / Farnesylated proteins-converting enzyme 1 / FACE-1 / Prenyl protein-specific endoprotease 1 / Zinc ...Farnesylated proteins-converting enzyme 1 / FACE-1 / Prenyl protein-specific endoprotease 1 / Zinc metalloproteinase Ste24 homolog


分子量: 55714.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZMPSTE24, FACE1, STE24 / プラスミド: pSGP47 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: O75844, Ste24 endopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-RDF / N-ALPHA-L-RHAMNOPYRANOSYLOXY(HYDROXYPHOSPHINYL)-L-LEUCYL-L-TRYPTOPHAN / PHOSPHORAMIDON / ホスホラミドン


タイプ: peptide-like, Glycopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 543.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H34N3O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: PHOSPHORAMIDON / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
配列の詳細The deposited sequence is derived from NCBI GenBank entry BC037283.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.48 % / 解説: Long needle-like morphology
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Glycerol, Ammonium Sulfate, PEG 3350, Hepes/NaOH pH 7.5
Temp details: Crystallization set-ups at 296 and then immediately moved to 277

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月1日
放射モノクロメーター: Double crystal Monochromator, Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.85→47.03 Å / Num. obs: 19383 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 111.68 Å2 / CC1/2: 0.761 / Rmerge(I) obs: 0.5105 / Rpim(I) all: 0.3347 / Rrim(I) all: 0.6127 / Net I/σ(I): 2.21
反射 シェル解像度: 3.85→3.99 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 2.291 / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 187 / CC1/2: 0.326 / Rpim(I) all: 1.468 / Rrim(I) all: 2.729 / % possible all: 97.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5SYT

5syt


解像度: 3.85→47.028 Å / SU ML: 0.87 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 45.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3713 1909 9.92 %
Rwork0.3376 --
obs0.3409 19241 97.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 373.37 Å2 / Biso mean: 143.7474 Å2 / Biso min: 10.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.85→47.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6383 0 186 0 6569
Biso mean--135.55 --
残基数----781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1549045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551003
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0962379
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.85-3.94630.44881360.38371230136698
3.9463-4.05290.38951340.38921225135998
4.0529-4.17210.38241340.36871226136099
4.1721-4.30670.40071390.37061247138699
4.3067-4.46050.44521380.34661260139899
4.4605-4.63890.43861350.32731224135998
4.6389-4.84980.35081380.30661247138599
4.8498-5.10520.37061360.30671240137699
5.1052-5.42470.31051380.31571256139499
5.4247-5.84280.35861400.322512641404100
5.8428-6.42950.3791380.31361251138999
6.4295-7.35680.38741390.32121257139699
7.3568-9.25710.30231370.31411246138397
9.2571-47.03110.36241270.36151159128688

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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