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- PDB-2xn4: Crystal structure of the kelch domain of human KLHL2 (Mayven) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xn4
タイトルCrystal structure of the kelch domain of human KLHL2 (Mayven)
要素KELCH-LIKE PROTEIN 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ruffle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / lamellipodium / actin cytoskeleton / Neddylation / actin binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination ...Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ruffle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / lamellipodium / actin cytoskeleton / Neddylation / actin binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like protein 2 , BTB/POZ domain / Kelch-type beta propeller / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like protein 2 , BTB/POZ domain / Kelch-type beta propeller / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Canning, P. / Hozjan, V. / Cooper, C.D.O. / Ayinampudi, V. / Vollmar, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Canning, P. / Hozjan, V. / Cooper, C.D.O. / Ayinampudi, V. / Vollmar, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Cul3 Assembly with the Btb-Kelch Family of E3 Ubiquitin Ligases.
著者: Canning, P. / Cooper, C.D.O. / Krojer, T. / Murray, J.W. / Pike, A.C.W. / Chaikuad, A. / Keates, T. / Thangaratnarajah, C. / Hojzan, V. / Marsden, B.D. / Gileadi, O. / Knapp, S. / von Delft, F. / Bullock, A.N.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KELCH-LIKE PROTEIN 2
B: KELCH-LIKE PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,40712
ポリマ－65,6612
非ポリマー74610
水9,674537
1
A: KELCH-LIKE PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2046
ポリマ－32,8301
非ポリマー3735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: KELCH-LIKE PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2046
ポリマ－32,8301
非ポリマー3735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.994, 46.005, 71.762
Angle α, β, γ (deg.)86.68, 82.75, 68.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 306 - 591 / Label seq-ID: 15 - 300

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.36691, -0.93026, -0.00029), (-0.93026, 0.36691, 0.00088), (-0.00071, 0.00059, -1)
ベクター: 14.58385, 9.96143, 3.81407)

-
要素

#1: タンパク質 KELCH-LIKE PROTEIN 2 / ACTIN-BINDING PROTEIN MAYVEN


分子量: 32830.262 Da / 分子数: 2 / 断片: KELCH DOMAIN, RESIDUES 294-591 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION (MGC) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: O95198
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M MES PH 6.5, 30% PEG 5000 MME, 0.2M NASCN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→19.83 Å / Num. obs: 34329 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.99→2.09 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 67.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ADE

3ade


解像度: 1.99→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 7.286 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22155 1698 4.9 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
obs0.17195 32617 92.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4310 0 40 537 4887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0214435
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.9426023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.68737037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3775572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.9222.737190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.83515681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0641540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5531.52811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1221.51197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09524501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92431624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9534.51521
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1674medium positional0.050.5
2B1674medium positional0.050.5
1A1929loose positional0.195
2B1929loose positional0.195
1A1674medium thermal0.262
2B1674medium thermal0.262
1A1929loose thermal0.3710
2B1929loose thermal0.3710
LS精密化 シェル解像度: 1.993→2.044 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 65 -
Rwork0.19 1456 -
obs--57.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2483-0.1139-0.48710.0138-0.43593.69190.06430.09260.07160.0289-0.00470.0026-0.1458-0.1581-0.05960.08210.0059-0.0090.07940.01850.05360.791.35-15.245
20.5029-0.0704-0.07090.6755-0.05020.446-0.01420.011-0.0325-0.03050.01280.02570.0461-0.02040.00140.07010.0002-0.00440.0577-0.00350.04863.371-16.8-9.149
315.06520.6624-6.639456.9121-7.01733.0608-0.62240.1282-0.7436-1.75180.3374-1.77410.2171-0.01720.2850.0562-0.00570.0490.0495-0.02180.048419.791-18.599-22.586
40.9922-0.3503-0.33920.3653-0.0721.4067-0.02160.0450.0824-0.03090.0166-0.0296-0.0536-0.02230.0050.0933-0.0251-0.00680.06520.00470.056510.806-3.53-17.93
50.00910.324-0.36871.99740.38223.57410.05860.03830.02780.20530.02520.1091-0.0835-0.0746-0.08390.07850.01980.03220.0692-0.02080.077713.019.67719.149
60.5903-0.183-0.07060.7406-0.07160.53530.0042-0.0280.0109-0.0013-0.0087-0.039-0.00410.06480.00450.0540-0.00580.0671-0.00090.049729.3431.78612.16
76.5443-0.55023.49030.7273-1.56083.8573-0.0666-0.3456-0.1445-0.03980.0385-0.03690.0554-0.16910.02810.05220.0352-0.00870.07530.00340.022625.279-13.53123.401
80.5905-0.19770.13091.2581-0.51261.3120.0198-0.09180.03730.05280.0310.0553-0.0593-0.1433-0.05080.0434-0.00420.00240.1162-0.0070.040614.121-1.97721.955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A306 - 332
2X-RAY DIFFRACTION2A333 - 521
3X-RAY DIFFRACTION3A522 - 527
4X-RAY DIFFRACTION4A528 - 591
5X-RAY DIFFRACTION5B306 - 332
6X-RAY DIFFRACTION6B333 - 507
7X-RAY DIFFRACTION7B508 - 524
8X-RAY DIFFRACTION8B525 - 591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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