PDB-3ii7: Crystal structure of the kelch domain of human KLHL7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ii7

タイトル

Crystal structure of the kelch domain of human KLHL7

要素

Kelch-like protein 7

キーワード

PROTEIN BINDING / Protein-binding / kelch-repeat / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Kelch repeat / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Thangaratnarajah, C. / Cooper, C.D.O. / Ugochukwu, E. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / Sethi, R. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for Cul3 protein assembly with the BTB-Kelch family of E3 ubiquitin ligases.
著者: Canning, P. / Cooper, C.D. / Krojer, T. / Murray, J.W. / Pike, A.C. / Chaikuad, A. / Keates, T. / Thangaratnarajah, C. / Hojzan, V. / Ayinampudi, V. / Marsden, B.D. / Gileadi, O. / Knapp, S. ...

履歴

登録	2009年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ii7.cif.gz	84.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ii7.ent.gz	62 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ii7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vpjSC 2xn4C 4ap2C 4apfC 4ascC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k2j-2 6qmc-d 1shh-2 1cij-d 2gp9-d 5fzn-d 6zew-d 4ifj-d 7k2b-3 6sp4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like protein 7

ヘテロ分子

35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.435, 50.905, 87.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.19, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-713- HOH

#1: タンパク質	Kelch-like protein 7 分子量: 34074.789 Da / 分子数: 1 / 断片: Kelch-repeat domain, UNP residues 283-586 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHL7 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8IXQ5
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG 20000, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月25日
放射	モノクロメーター: Flat graphite crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→28.34 Å / Num. all: 38411 / Num. obs: 38407 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5515 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0089	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2VPJ

2vpj

解像度: 1.63→28.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.177 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18996	1924	5 %	RANDOM
R_work	0.16138	-	-	-
all	0.16284	38407	-	-
obs	0.1614	36483	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.797 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	0.13 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.38 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.176 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→28.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2240	0	100	338	2678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.958	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.838	3	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.934	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.736	23.689	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.081	15	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.537	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.174	3	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.542	3	607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.472	6	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.377	8	984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.94	11	904

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.465	143	-
R_work	0.405	2620	-
obs	-	-	98.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6573	0.4863	-0.6841	0.7209	-0.3924	2.825	0.0295	-0.1057	0.0568	0.0146	0.0209	-0.0526	-0.0329	0.1944	-0.0504	0.0348	-0.0165	-0.0063	0.0928	-0.0022	0.0566	32.241	18.272	24.813
2	1.2404	0.57	0.5234	0.892	0.3821	1.0619	0.0602	-0.1398	0.0233	0.0432	-0.1013	0.0205	0.0146	-0.0415	0.0411	0.0512	-0.0037	0.0025	0.0632	-0.0034	0.0222	16.62	16.093	30.656
3	1.3744	0.1001	0.2019	0.5882	0.1768	1.0831	-0.003	-0.1521	0.0541	0.0679	-0.0224	0.0808	0.0399	-0.1101	0.0255	0.0458	-0.0011	0.0074	0.062	-0.0092	0.0522	5.661	14.419	23.927
4	1.3644	0.5967	-0.4765	1.1587	-0.0996	0.331	0.0224	0.0263	-0.0832	0.0221	-0.08	-0.0784	-0.0065	-0.055	0.0576	0.045	-0.0173	-0.0166	0.0544	-0.0033	0.0505	9.19	9.918	13.541
5	0.5611	-0.0125	-0.021	0.3877	0.0771	0.2264	0.0033	0.0409	-0.014	-0.0568	-0.0052	-0.0133	-0.0018	0.0011	0.0019	0.0539	0.0004	-0.0027	0.0404	0.0002	0.0398	19.291	12.441	7.836
6	2.0493	-0.3991	-0.9716	1.8485	0.0032	1.1526	-0.0405	-0.0923	0.0696	0.1105	0.0654	-0.0991	-0.009	0.0755	-0.0249	0.0468	-0.0013	-0.0269	0.0691	-0.0112	0.0334	30.739	14.512	20.033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	290 - 323
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	324 - 383
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	384 - 425
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	426 - 446
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	447 - 558
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	559 - 577

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)