PDB-2xkq: Crystal structure of Streptococcus suis Dpr with manganese

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xkq

タイトル

Crystal structure of Streptococcus suis Dpr with manganese

要素

DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IRON STORAGE / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Haikarainen, T. / Thanassoulas, A. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Haataja, S. / Papageorgiou, A.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and Thermodynamic Characterization of Metal Ion Binding in Streptococcus Suis Dpr.
著者: Haikarainen, T. / Thanassoulas, A. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Haataja, S. / Papageorgiou, A.C.

履歴

登録	2010年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xkq.cif.gz	728.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xkq.ent.gz	612.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xkq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xkq_validation.pdf.gz	519.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xkq_full_validation.pdf.gz	533.8 KB	表示
XML形式データ	2xkq_validation.xml.gz	66.6 KB	表示
CIF形式データ	2xkq_validation.cif.gz	92.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/2xkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/2xkq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xjmC 2xjnC 2xjoC 1umn 2bw1 2cf7 2ux1 2v15 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hvq-1 2bkc-1 2iy4-2 2xjm-d 2xjo-d 6sev-1 2bk6-1 2iy4-1 6hv1-1 1qgh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (2) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

B: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

C: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

D: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

E: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

F: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

G: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

H: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

I: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

J: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

K: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

L: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

ヘテロ分子

226 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.222, 139.467, 143.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN / DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN 分子量: 18641.014 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 8-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P0CB53, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する

-
非ポリマー , 5種, 555分子

#2: 化合物	ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 詳細: 30 - 35 % (V/V) PEG 400, 0.2 M CACL2, 0.1 M HEPES-NAOH (PH 7.4)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSSING
放射	モノクロメーター: FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL SI (111), HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 83975 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 46.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0078	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 19.274 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2449	4190	5 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.18611	79708	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14494	0	82	529	15105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	14881
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.951	20119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.017	5	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.728	25.168	745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.947	15	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.963	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.48	1.5	9000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.945	2	14434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.78	3	5881
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.818	4.5	5685
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	320	-
R_work	0.236	5796	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1535	3.7166	-0.1119	10.5738	8.2526	9.6287	-0.3256	0.4417	-0.346	-0.2875	0.2161	-0.2057	0.4962	0.6359	0.1095	0.4484	0.069	-0.0383	0.3145	0.0462	0.4332	16.418	100.419	13.954
2	0.1187	0.5622	0.2027	3.1208	1.6977	1.5338	-0.0229	-0.1231	-0.1608	0.292	-0.0266	0.0034	0.1184	0.1069	0.0495	0.3533	0.0607	-0.0666	0.2692	0.0969	0.3104	13.076	124.498	25.855
3	1.6402	0.4103	0.0564	1.493	1.2668	2.3581	-0.06	-0.177	-0.3304	0.3196	-0.0688	-0.0442	0.1965	0.0376	0.1288	0.3887	0.0576	-0.0472	0.1419	0.137	0.375	10.915	112.689	25.312
4	1.9989	-1.1685	-0.5032	7.957	6.1905	6.7387	-0.0113	-0.1436	-0.506	0.69	-0.0411	-0.0343	0.8455	0.1595	0.0524	0.3202	0.0985	-0.0849	0.2428	0.118	0.4159	22.942	113.251	20.968
5	0.9547	1.7162	0.4019	4.1685	0.8343	0.1807	-0.1979	-0.0008	-0.2846	-0.0791	0.0856	-0.2089	-0.0651	0.2088	0.1123	0.325	0.1036	-0.086	0.2798	0.0727	0.3884	25.602	121.121	17.962
6	0.541	-2.2214	0.18	26.8981	8.4928	4.8542	0.0901	0.3716	0.1348	-0.7032	-0.3093	0.6532	-0.7909	-0.2558	0.2192	0.4296	0.0102	-0.0106	0.5045	0.0429	0.3306	-6.184	151.999	-38.502
7	0.717	-0.4442	-0.9873	1.6661	0.5503	1.3623	0.0025	0.1109	0.1124	-0.1436	0.0148	0.0372	-0.2154	0.0325	-0.0173	0.1753	-0.0082	-0.0085	0.3332	0.0734	0.311	-5	164.35	-14.222
8	4.22	-3.2424	-4.7844	3.9668	4.8477	9.5234	0.0625	0.0242	-0.1138	-0.0006	0.0368	-0.1465	0.1055	0.2388	-0.0993	0.2729	-0.024	-0.0387	0.3467	0.0168	0.304	-3.04	154.345	-16.789
9	1.2713	-0.4199	-0.075	1.0169	0.3017	0.4763	-0.0092	0.3588	0.2452	-0.2461	0.0054	0.0969	-0.1311	-0.027	0.0038	0.2252	0.0052	-0.0113	0.3569	0.0959	0.2447	-4.858	163.7	-23.597
10	2.6954	-1.537	-2.0096	2.6767	1.369	2.2174	0.0435	0.3467	-0.1714	-0.3524	-0.0833	0.3349	-0.0222	-0.2032	0.0398	0.2019	-0.0045	-0.107	0.3376	0.0279	0.3005	-15.181	152.544	-23.152
11	1.2244	0.0694	0.5124	1.1132	0.4462	1.5576	0.0849	-0.0506	-0.2627	0.273	0.1433	0.1252	0.1023	-0.0216	-0.2282	0.3464	0.0262	0.0434	0.2116	0.1201	0.3563	-3.659	117.865	20.48
12	1.113	0.1093	0.3674	2.5262	1.871	2.6925	-0.0055	-0.289	-0.3271	0.4605	0.1	0.1346	0.3137	-0.0292	-0.0945	0.4382	0.0503	0.0077	0.149	0.204	0.2881	-0.852	116.205	30.524
13	7.587	-0.5022	0.1231	7.8413	5.2093	8.7724	0.0335	0.0697	-0.8195	0.2919	0.2486	0.1421	0.2308	-0.1049	-0.2821	0.3778	-0.025	0.0296	0.1857	0.1178	0.4052	-12.626	109.549	18.068
14	0.5536	0.0268	0.6643	8.3855	4.3799	4.2104	0.3752	-0.6045	-0.2757	0.9998	0.0177	-0.1663	0.0847	-0.7691	-0.3929	0.4783	0.045	0.1799	0.3762	0.1738	0.2586	-13.807	125.592	33.461
15	2.5816	1.6594	2.3176	1.168	1.1738	3.0659	-0.0595	-0.2134	-0.0544	0.1826	0.02	0.5027	0.0295	-0.1965	0.0395	0.3194	0.0131	0.113	0.2729	0.1372	0.3815	-16.207	124.072	21.544
16	4.5148	3.1228	4.4459	11.3426	7.055	6.103	-0.2391	-0.5212	0.4931	0.5832	-0.1676	0.2152	-0.5767	-0.0241	0.4067	0.4152	-0.0034	-0.0007	0.33	0.0463	0.3855	13.172	182.064	-7.008
17	0.2242	-0.6541	-0.4911	2.1374	1.0714	1.648	0.0671	0.2844	0.0849	-0.2524	-0.1128	-0.1653	0.0533	-0.0656	0.0457	0.1975	-0.0212	0.0296	0.3831	0.0541	0.2828	13.156	156.096	-21.249
18	0.6523	-0.5818	-0.3639	2.0537	1.2127	2.3379	0.047	0.2253	0.2417	-0.2369	-0.0132	-0.2038	-0.1527	-0.0023	-0.0337	0.1519	-0.0431	0.0446	0.3276	0.0955	0.317	9.929	166.952	-19.828
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	76 - 123
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	124 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	24 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	76 - 111
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	112 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	121 - 141
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	142 - 172
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	21 - 26
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	27 - 69
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	70 - 112
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	113 - 141
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	142 - 172
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	22 - 27
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	28 - 75
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	76 - 113
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	114 - 141
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	142 - 172
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	22 - 37
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	38 - 59
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	60 - 76
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	77 - 112
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	113 - 172
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	22 - 28
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	29 - 67
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	68 - 115
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	116 - 138
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	139 - 172
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	22 - 40
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	41 - 65
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	66 - 113
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	114 - 123
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	124 - 172
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	23 - 28
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	29 - 67
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	68 - 114
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	115 - 159
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	160 - 172
46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	21 - 26
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	27 - 62
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	63 - 75
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	76 - 113
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	114 - 172
51	X-RAY DIFFRACTION	51	K	21 - 62
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	K	113 - 141
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	L	22 - 61
57	X-RAY DIFFRACTION	57	L	62 - 75
58	X-RAY DIFFRACTION	58	L	76 - 110
59	X-RAY DIFFRACTION	59	L	111 - 147
60	X-RAY DIFFRACTION	60	L	148 - 172

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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