PDB-2xjo: Crystal structure of Streptococcus suis Dpr with nickel

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xjo

タイトル

Crystal structure of Streptococcus suis Dpr with nickel

要素

DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IRON STORAGE / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Haikarainen, T. / Thanassoulas, A. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Haataja, S. / Papageorgiou, A.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and Thermodynamic Characterization of Metal Ion Binding in Streptococcus Suis Dpr.
著者: Haikarainen, T. / Thanassoulas, A. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Haataja, S. / Papageorgiou, A.C.

履歴

登録	2010年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xjo.cif.gz	747.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xjo.ent.gz	628.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xjo_validation.pdf.gz	482.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xjo_full_validation.pdf.gz	501.8 KB	表示
XML形式データ	2xjo_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	2xjo_validation.cif.gz	59.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/2xjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/2xjo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xjmC 2xjnC 2xkqC 1umn 2bw1 2cf7 2ux1 2v15 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xjn-d 2xjm-d 1qgh-d 2cf7-d 2xkq-d 2iy4-2 6hx2-1 6hvq-1 2iy4-1 1ji5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

B: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

C: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

D: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

E: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

F: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

G: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

H: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

I: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

J: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

K: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

L: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

ヘテロ分子

226 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.856, 137.459, 141.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN / DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN 分子量: 18641.014 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 8-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P0CB53, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する

-
非ポリマー , 5種, 778分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 詳細: 30 - 35 % (V/V) PEG 400, 0.2 M CACL2, 0.1 M HEPES-NAOH (PH 7.4)

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.48746
検出器	タイプ: MARRESEARCH MARMOSAIC / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月10日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSSING
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111), HORIZONTALLY FOCUSSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.48746 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 118580 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 43.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0078	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 11.029 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22164	5940	5 %	RANDOM
R_work	0.17573	-	-	-
obs	0.17801	112558	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.685 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14449	0	85	749	15283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	15114
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.95	20481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.967	5	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.801	25.203	763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.709	15	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.591	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.655	1.5	9167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.258	2	14730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.365	3	5947
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.709	4.5	5751
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	390	-
R_work	0.273	7663	-
obs	-	-	93.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8271	-2.8431	-0.0836	5.4255	3.5416	6.6486	0.1582	-0.1847	-0.6091	0.1183	-0.2102	-0.1786	0.3506	0.2224	0.052	0.4481	0.0825	-0.0534	0.1403	0.1088	0.421	14.1348	105.4942	19.2958
2	1.1046	-0.1631	0.1873	1.4887	0.098	2.2518	0.1255	-0.2605	-0.1965	0.2214	-0.0508	0.0885	0.0344	0.0538	-0.0747	0.4454	0.036	-0.0758	0.3103	0.1009	0.2396	12.7968	128.0033	30.4951
3	0.7165	2.223	1.061	9.5143	5.9049	4.18	0.0239	-0.0909	-0.1261	-0.0314	-0.1398	0.1953	0.0305	-0.0593	0.1159	0.3781	0.0438	-0.0472	0.2958	0.0513	0.3608	12.2908	120.2591	18.0582
4	1.6426	0.3183	0.4244	2.0754	0.9918	2.0246	0.0046	-0.2985	-0.4682	0.4333	-0.007	-0.1098	0.3289	0.1001	0.0024	0.4599	0.0634	-0.0784	0.1289	0.1559	0.3077	10.9241	110.9852	26.5063
5	1.3162	0.845	0.5385	2.325	1.2276	1.9646	0.0243	-0.1332	-0.3861	0.1946	-0.0877	-0.2729	0.2935	0.2121	0.0634	0.3756	0.122	-0.1126	0.2264	0.0851	0.3723	23.9732	115.5714	19.1068
6	1.4298	1.7998	0.7305	9.6829	6.3952	7.335	-0.1877	0.5751	0.2592	-0.735	-0.0264	0.3576	-0.24	-0.1763	0.214	0.3275	-0.0069	-0.0519	0.4878	0.0672	0.1892	-4.4576	153.9034	-31.4656
7	0.781	0.7305	-0.358	1.6356	-0.8368	3.2263	-0.0425	0.0968	0.118	-0.0707	0.0206	0.0481	-0.0858	0.0633	0.0218	0.2582	0.0053	-0.0202	0.3409	0.0456	0.3862	-5.23	165.1733	-8.5624
8	2.073	-3.0275	-3.614	4.9523	3.9166	9.7934	0.0383	0.1001	0.097	-0.2582	0.1731	-0.0404	-0.0784	0.1751	-0.2114	0.2837	-0.0302	-0.0375	0.4065	0.0262	0.3071	-3.5861	153.1294	-14.9531
9	1.2853	-0.759	-0.4625	2.0469	1.0175	1.7767	-0.0106	0.3934	0.2044	-0.3369	-0.0743	0.1698	-0.2417	-0.0926	0.0849	0.2668	-0.01	-0.0415	0.4414	0.0993	0.2539	-1.8763	160.6088	-25.458
10	1.5706	-0.7231	-0.8132	2.0953	1.0597	1.7526	0.0067	0.3272	0.0359	-0.2122	-0.0395	0.2623	-0.0203	-0.1654	0.0328	0.2809	0.0004	-0.0852	0.3987	0.044	0.3386	-14.6451	152.8321	-21.7526
11	2.983	0.4527	0.4592	9.1429	5.1428	5.4513	-0.0079	-0.484	-0.2627	0.7531	0.1421	0.3582	0.2194	0.1623	-0.1342	0.5167	0.0092	0.0824	0.2444	0.1914	0.2242	-3.9602	120.22	33.5187
12	0.5469	0.1088	-0.1386	2.4998	0.6834	1.6141	0.0369	-0.1073	-0.3749	0.1248	0.1427	0.1514	0.1311	0.0604	-0.1796	0.3978	0.0023	0.0069	0.2316	0.0766	0.3741	-3.4066	114.7169	14.5882
13	0.5564	0.4192	0.437	2.9134	1.3133	1.8966	0.0068	-0.308	-0.3117	0.4853	0.0442	0.2452	0.2749	-0.0696	-0.051	0.4703	-0.0102	0.0449	0.1655	0.1622	0.289	-1.7404	113.6789	28.712
14	1.791	1.3715	1.7105	3.7738	1.6793	2.8585	0.0734	-0.4263	-0.1977	0.5478	0.0314	0.3299	0.1125	-0.3448	-0.1047	0.3951	-0.0073	0.1548	0.307	0.1631	0.2605	-12.9726	123.3593	28.2513
15	5.0146	-2.6076	-0.8686	5.9904	1.5682	7.1404	-0.085	-0.4598	-0.362	0.5004	0.2902	0.3964	0.3903	-0.1427	-0.2053	0.3274	-0.0844	0.0475	0.152	0.1749	0.4387	-20.3044	115.2736	15.2571
16	3.7161	1.1525	2.449	9.828	3.9628	6.9133	-0.1748	0.2304	0.5168	-0.0176	0.0848	-0.1209	-0.4214	0.1217	0.0901	0.2592	-0.0412	-0.0059	0.3093	0.0922	0.378	12.1334	172.9067	-12.4076
17	1.6216	-0.8675	-0.3222	3.5216	-0.8203	0.5244	-0.0155	0.377	0.0196	-0.1392	-0.0371	0.1284	0.0408	0.0672	0.0526	0.3095	-0.0142	0.0324	0.4804	0.0102	0.2157	13.3065	149.0925	-25.4388
18	1.1473	-2.1039	-1.7863	10.1654	3.5053	2.7895	-0.0114	0.1059	0.0641	0.1106	-0.0833	0.2903	0.0812	-0.0235	0.0947	0.2879	-0.0252	-0.0037	0.3766	0.0075	0.3453	11.8963	154.8165	-13.8095
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	60 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	78 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	113 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	22 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	40 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	60 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	76 - 112
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	113 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	22 - 42
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	43 - 75
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	76 - 114
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	115 - 159
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	160 - 172
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	21 - 37
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	38 - 59
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	60 - 75
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	76 - 112
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	113 - 172
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	22 - 42
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	43 - 59
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	60 - 77
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	78 - 112
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	113 - 172
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	22 - 37
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	38 - 59
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	60 - 75
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	76 - 112
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	113 - 172
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	24 - 39
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	40 - 59
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	60 - 75
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	76 - 114
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	115 - 172
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	21 - 37
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	38 - 59
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	60 - 75
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	76 - 114
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	115 - 172
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	20 - 38
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	39 - 59
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	60 - 75
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	76 - 114
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	21 - 38
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	39 - 59
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	60 - 75
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	76 - 114
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	115 - 172
51	X-RAY DIFFRACTION	51	K	21 - 37
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	K	76 - 114
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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