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Yorodumi- PDB-6hvq: The structure of Dps from Listeria innocua soaked before soaking ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6hvq | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The structure of Dps from Listeria innocua soaked before soaking experiments with Zn, Co and La | ||||||
Components | (DNA protection during starvation protein) x 2 | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Dps / metal binding. cage shaped protein / ferroxidase / itron translocation | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationOxidoreductases; Oxidizing metal ions / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Listeria innocua serovar 6a | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Zeth, K. / Okuda, M. | ||||||
Citation | Journal: Inorg.Chem. / Year: 2019Title: Metal Positions and Translocation Pathways of the Dodecameric Ferritin-like Protein Dps. Authors: Zeth, K. / Sancho-Vaello, E. / Okuda, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6hvq.cif.gz | 568.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6hvq.ent.gz | 476 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6hvq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6hvq_validation.pdf.gz | 445.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6hvq_full_validation.pdf.gz | 446 KB | Display | |
| Data in XML | 6hvq_validation.xml.gz | 42.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6hvq_validation.cif.gz | 61.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/6hvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/6hvq | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 18070.553 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (bacteria)Strain: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / Gene: dps, flp, fri, lin0942 / Production host: ![]() References: UniProt: P80725, Oxidoreductases; Oxidizing metal ions #2: Protein | | Mass: 18077.504 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (bacteria)Strain: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / Gene: dps, flp, fri, lin0942 / Production host: ![]() References: UniProt: P80725, Oxidoreductases; Oxidizing metal ions #3: Chemical | ChemComp-LA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.88 % |
|---|---|
| Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 25% PEG 3350 pH 7 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 11, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 157727 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 8 % / Net I/σ(I): 1.42 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→1.95 Å |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 1.9→43.456 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.22 / Phase error: 20.09
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→43.456 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



X-RAY DIFFRACTION
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PDBj




Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (bacteria)

