PDB-6hx2: The structure of Dps from Listeria innocua soaked with Cobalt

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hx2

タイトル

The structure of Dps from Listeria innocua soaked with Cobalt

要素

DNA protection during starvation protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Dps / metal binding. cage shaped protein / ferroxidase / itron translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.597 Å

データ登録者

Zeth, K. / Okuda, M.

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Metal Positions and Translocation Pathways of the Dodecameric Ferritin-like Protein Dps.
著者: Zeth, K. / Sancho-Vaello, E. / Okuda, M.

履歴

登録	2018年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hx2.cif.gz	575 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hx2.ent.gz	481.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6huiC 6hv1C 6hvqC 6sevC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iy4-2 2iy4-1 6sev-1 2bk6-1 1qgh-d 6hv1-1 6hvq-1 2xjn-d 3ta8-1 6hui-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA protection during starvation protein

B: DNA protection during starvation protein

C: DNA protection during starvation protein

D: DNA protection during starvation protein

E: DNA protection during starvation protein

F: DNA protection during starvation protein

ヘテロ分子

111 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA protection during starvation protein

B: DNA protection during starvation protein

C: DNA protection during starvation protein

D: DNA protection during starvation protein

E: DNA protection during starvation protein

F: DNA protection during starvation protein

ヘテロ分子

A: DNA protection during starvation protein

B: DNA protection during starvation protein

C: DNA protection during starvation protein

D: DNA protection during starvation protein

E: DNA protection during starvation protein

F: DNA protection during starvation protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
222 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.581, 87.581, 277.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	DNA protection during starvation protein / Ferritin-like protein / Non-heme iron-containing ferritin 分子量: 18070.553 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria innocua Clip11262 (バクテリア) 遺伝子: dps, flp, fri, lin0942 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P80725, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#2: 化合物	... ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.597→40 Å / Num. obs: 272612 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 12.87
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.597→37.045 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1711	13617	5 %
R_work	0.1548	-	-
obs	0.1556	272612	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.597→37.045 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7424	0	45	1170	8639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.766	10535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.685	4735
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1364

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5974-1.6156	0.4079	428	0.3818	8139	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6156-1.6346	0.3308	452	0.3469	8617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6346-1.6545	0.3017	458	0.3226	8725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6545-1.6755	0.3192	452	0.3221	8603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6755-1.6975	0.3329	451	0.3015	8684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6975-1.7208	0.3005	464	0.2893	8632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7208-1.7454	0.3097	454	0.2759	8664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7454-1.7714	0.2871	454	0.2568	8613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7714-1.7991	0.2603	449	0.2497	8653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7991-1.8286	0.2503	458	0.2432	8655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8286-1.8601	0.2733	451	0.2408	8651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8601-1.8939	0.2507	454	0.2264	8623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8939-1.9304	0.2335	459	0.2131	8646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9304-1.9698	0.234	450	0.1934	8649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9698-2.0126	0.1956	454	0.1836	8673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0126-2.0594	0.1914	445	0.167	8670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0594-2.1109	0.1842	455	0.1569	8633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1109-2.168	0.1728	461	0.1584	8694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.168-2.2317	0.1745	447	0.1468	8631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2317-2.3038	0.1687	464	0.1422	8698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3038-2.3861	0.1389	457	0.1273	8629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3861-2.4816	0.1584	452	0.1281	8665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4816-2.5945	0.153	448	0.128	8635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5945-2.7313	0.1456	460	0.1316	8648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7313-2.9023	0.1534	460	0.1314	8651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9023-3.1263	0.1581	460	0.1336	8679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1263-3.4407	0.1443	451	0.1351	8646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4407-3.9381	0.1536	457	0.1304	8630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9381-4.9598	0.1232	457	0.1077	8667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9598-37.0547	0.1356	455	0.1446	8592	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8664	-2.0134	2.36	2.6921	-2.5649	4.3638	0.1143	0.0908	-0.2176	-0.1621	-0.0258	0.0461	0.297	0.1757	-0.0726	0.226	0.0173	0.0319	0.1556	-0.0367	0.1932	-39.0207	15.5101	-21.8301
2	5.8532	-3.5354	5.2588	2.1742	-3.4402	5.0018	-0.0868	-0.0885	0.0594	0.0923	0.0501	-0.0792	-0.0536	-0.0608	0.0631	0.2462	0.0252	0.0148	0.212	-0.0235	0.2227	-41.4831	20.2401	-14.7912
3	2.584	0.1471	0.4758	3.2239	-3.3441	4.246	0.0088	0.3031	-0.1394	-0.2858	-0.0393	-0.1517	0.2353	0.3146	0.0514	0.2513	0.0802	0.0234	0.2631	-0.0451	0.258	-25.4837	12.2458	-19.1094
4	5.5753	-3.0767	1.0553	1.9153	-1.0004	0.9388	0.289	0.5119	-0.1583	-0.4605	-0.1484	0.0455	0.3461	0.0395	-0.279	0.3946	0.0278	0.0234	0.2968	-0.0552	0.2627	-41.5593	14.9115	-33.3602
5	5.3623	-4.9238	5.7683	4.6478	-5.2475	6.1734	0.2606	0.073	-0.2973	-0.3492	-0.1368	0.0279	0.6988	0.1108	-0.2361	0.356	0.0308	0.0107	0.214	-0.0322	0.2838	-43.7587	6.1373	-18.1647
6	5.657	-2.2101	3.661	1.3826	-1.598	3.4267	-0.0248	-0.075	-0.0365	-0.0072	0.0016	-0.0642	0.2749	-0.0124	0.0265	0.27	0.0065	0.0152	0.1714	-0.0179	0.2237	-46.75	9.7369	-10.9308
7	5.5283	-4.5617	4.8465	4.0072	-3.8857	4.2815	0.5007	0.1084	-0.5857	-1.1496	-0.1126	0.2157	1.9285	-0.2855	-0.2234	0.4899	-0.0455	-0.0449	0.2386	-0.0832	0.2673	-58.1124	6.328	-22.4601
8	1.4544	-0.9112	1.6123	0.6594	-1.0571	1.8022	0.3472	-0.6413	-1.2587	0.0179	-0.4788	-0.9644	0.1821	0.7323	0.1202	1.0437	0.1751	0.0598	0.5658	0.1974	0.7325	-32.3731	-0.4679	20.533
9	2.6503	2.4672	-0.2442	3.6535	-0.0595	0.7671	0.042	-0.1457	-0.1963	0.0873	-0.0717	-0.2334	0.0708	0.1371	0.0581	0.1925	0.0528	-0.0277	0.2488	0.002	0.2176	-28.9643	19.8798	17.8151
10	5.179	4.8241	-2.0213	4.8744	-2.0347	0.9079	-0.0609	0.0404	0.1633	-0.0249	0.1517	0.1996	0.0715	0.0403	-0.1011	0.2084	0.0346	-0.0082	0.2528	-0.0031	0.2278	-35.7963	22.2235	12.8154
11	3.2067	2.7022	1.4802	3.5888	2.2434	2.6252	0.2454	-0.2322	-0.1136	0.4086	-0.0761	-0.1491	0.3837	0.1186	-0.1885	0.2709	0.0463	-0.0075	0.2393	0.0469	0.2266	-37.4235	12.2278	27.7449
12	0.2617	0.6371	-0.7759	1.1149	-1.6717	2.4258	-0.0257	-0.2468	-0.4073	0.1482	-0.1923	-0.6068	-0.0517	0.4183	0.2636	0.2915	0.1052	-0.0803	0.4141	-0.022	0.4118	-18.4972	20.9862	21.5806
13	2.2707	1.5492	-0.0644	2.2928	-0.3564	0.6381	0.1103	-0.0589	-0.4344	0.1624	-0.1029	-0.4773	0.2481	0.1523	0.0174	0.2955	0.0705	-0.0156	0.2674	0.0078	0.2886	-27.816	10.2446	11.2618
14	5.0145	3.6811	-1.9363	3.758	-1.7533	1.8001	0.0686	0.0072	-0.2023	0.0646	-0.0505	-0.165	0.1041	0.165	-0.0202	0.2238	0.0606	-0.0164	0.2172	-0.0069	0.206	-30.4368	13.052	4.4912
15	1.43	-1.1934	-1.3917	1.8911	1.2974	2.3856	0.0413	-0.0984	0.1961	0.0049	0.1368	-0.2339	-0.1679	0.2875	-0.2213	0.1814	-0.0518	-0.007	0.2686	-0.0274	0.2796	-22.7021	56.3583	6.1223
16	2.2239	-3.7702	-2.6451	6.1069	4.3189	3.1286	-0.0698	0.0025	-0.0619	0.0532	-0.0432	0.1631	-0.0392	0.0699	0.1558	0.1846	-0.0188	0.0036	0.2431	-0.0225	0.2508	-30.3676	52.197	6.0814
17	1.6247	-1.5307	-1.2263	1.8429	1.4865	7.0404	0.1626	0.0751	0.3887	0.0042	-0.0149	-0.2244	-0.5995	0.3639	-0.1693	0.2809	-0.0706	0.0104	0.2046	-0.0516	0.3328	-26.7973	69.6709	7.1772
18	1.3693	-1.2657	-1.8095	5.9345	1.7502	2.343	0.0329	-0.2347	0.1976	-0.2226	0.2201	-0.4667	-0.1089	0.8259	-0.3733	0.1917	-0.0658	-0.0097	0.4843	-0.0515	0.3566	-11.9845	55.1072	1.2904
19	5.9584	-5.8789	-5.9646	5.8354	6.1153	5.774	-0.0532	-0.2896	0.1837	0.105	0.2017	-0.2974	-0.1003	0.478	-0.1675	0.247	-0.0393	-0.024	0.3404	-0.0367	0.2963	-20.7502	54.1966	16.902
20	2.1684	-2.9962	-1.7537	5.8532	2.7267	2.7081	0.0054	-0.127	0.0204	0.0441	0.0461	-0.1976	-0.0384	0.3147	-0.0098	0.1507	-0.0243	-0.0172	0.2582	-0.0183	0.2092	-25.0985	47.9997	17.7938
21	3.6936	-1.906	-2.0436	1.6424	0.7741	1.507	1.2712	1.2787	0.5031	-0.6884	-0.4537	-0.839	0.4543	0.677	-0.644	0.6586	-0.0116	0.1118	0.8137	-0.0977	0.448	-24.1133	34.91	-39.1928
22	0.5426	-0.3246	0.6074	0.9322	-1.0443	2.7436	0.0182	0.0758	-0.0279	-0.0757	-0.0069	-0.0817	0.0906	0.1822	-0.0444	0.2089	0.0311	0.0413	0.2369	-0.0189	0.228	-26.4229	26.6831	-20.0841
23	2.6894	-1.2477	4.4542	0.7709	-2.0005	7.3516	-0.0762	-0.0973	0.0816	-0.0208	-0.01	-0.0632	-0.0328	-0.2166	0.1048	0.1992	0.0234	0.0262	0.2273	-0.0206	0.2135	-32.9655	31.364	-16.9729
24	2.5488	-1.1124	1.0493	4.7602	-2.8554	2.3085	0.0713	0.08	-0.1989	-0.3452	-0.0809	-0.2014	0.1931	0.2159	-0.0058	0.2805	0.0136	0.0463	0.2577	-0.0507	0.2109	-33.2192	23.4031	-33.1843
25	2.2407	-0.1436	4.0143	2.7925	0.352	7.08	0.1381	0.3027	-0.2267	0.0262	-0.1347	-0.5231	0.5606	0.7547	0.0751	0.2364	0.0778	0.0705	0.3403	-0.0178	0.3537	-16.8456	20.7257	-18.6377
26	5.0478	-5.2215	5.7749	6.4344	-6.9246	6.9178	0.0309	0.3341	0.1476	-0.3313	-0.2176	-0.4219	0.2014	0.4199	0.225	0.238	-0.0119	0.064	0.2864	-0.035	0.2649	-22.0101	36.5637	-24.7884
27	3.1918	-1.0059	3.9313	1.3982	-1.0374	6.7298	-0.0005	0.1267	0.215	-0.0943	-0.0638	-0.2083	0.0126	0.3225	0.0568	0.1612	-0.0169	0.0599	0.1927	-0.0188	0.1976	-24.6071	41.5656	-19.5702
28	4.3111	3.1093	-0.204	3.3258	-0.037	0.8912	0.101	-0.3537	-0.0319	0.1819	-0.1363	-0.0861	0.0496	0.0293	0.0358	0.2167	0.0584	-0.0188	0.2579	0.0088	0.1839	-39.6253	26.9417	29.459
29	9.4851	5.4322	0.5045	3.3988	0.4751	0.1907	-0.05	0.2824	0.1595	0.026	0.1179	0.0601	0.0027	0.0893	-0.0417	0.2152	0.0299	-0.0123	0.2554	0.0009	0.2059	-41.0369	31.3526	22.2084
30	2.3127	2.005	-0.3751	4.8049	0.5504	0.8206	-0.0535	-0.2259	-0.162	0.22	0.0139	-0.2589	0.117	0.1565	0.0227	0.2215	0.0531	-0.0526	0.3461	0.0177	0.2239	-24.8764	27.3494	29.4022
31	6.993	1.4537	0.2847	1.6895	-0.4111	0.245	0.2756	-0.8762	-0.4323	0.5525	-0.2264	0.011	0.0791	-0.0755	-0.0385	0.3888	0.0466	0.0336	0.3825	0.0479	0.2242	-43.5449	18.1899	35.9271
32	8.6772	8.14	-0.4952	9.7501	0.0143	1.5471	0.1581	-0.394	-0.0111	0.3374	-0.1746	-0.1073	-0.0126	0.094	0.0497	0.2452	0.0622	-0.0273	0.2853	-0.0112	0.1705	-40.7091	35.931	36.0415
33	8.1315	3.8608	-1.0749	2.9172	-0.2681	0.6149	0.1491	-0.118	-0.0548	0.2412	-0.0748	-0.0671	-0.0571	0.0228	-0.0823	0.2308	0.0338	-0.0139	0.2364	-0.0074	0.1689	-45.6287	40.0139	31.8203
34	1.9536	-1.2706	-1.687	2.6588	2.1252	3.5276	-0.073	0.0573	-0.1822	0.1972	-0.0375	0.067	0.3953	-0.1725	0.18	0.2216	-0.0472	-0.0047	0.1817	0.0386	0.2275	-67.9077	11.3435	6.1064
35	1.1956	-2.081	-3.0351	4.1353	5.4951	7.8586	0.0576	-0.0505	0.009	-0.1913	0.1169	-0.0746	-0.111	0.0814	-0.2128	0.2184	-0.0165	-0.0028	0.1826	0.0177	0.2153	-62.0369	17.4731	4.2289
36	1.0346	-0.7222	0.1053	2.0391	1.8181	2.3696	-0.1008	-0.1544	-0.2636	0.1899	-0.0752	0.3519	0.4997	-0.3142	0.2495	0.2964	-0.0835	0.0235	0.2564	0.0355	0.3295	-73.73	7.8062	3.6488
37	6.1193	-5.9758	-6.1427	5.6487	5.1502	5.8331	-0.1319	-0.0439	-0.4249	0.0891	-0.0793	0.1944	0.4595	-0.0747	0.2846	0.3385	-0.0306	-0.0045	0.2192	0.0368	0.2949	-60.9779	4.4538	10.8681
38	1.463	-0.9647	-2.0095	1.7575	2.9052	6.7548	-0.097	-0.1467	-0.2076	0.0766	0.0091	0.1142	0.3692	0.0607	0.1149	0.2395	-0.0021	0.0048	0.1914	0.0487	0.2416	-54.8115	9.057	12.3552

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 95 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 96 through 124 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 125 through 150 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 151 through 157 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 9 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 10 through 39 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 67 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 68 through 82 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 83 through 95 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 96 through 124 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 125 through 157 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 8 through 39 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 40 through 67 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 68 through 82 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 83 through 95 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 96 through 124 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 125 through 157 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 2 through 9 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 10 through 39 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 40 through 67 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 68 through 82 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 83 through 95 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 96 through 124 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 125 through 157 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 8 through 39 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 40 through 67 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 68 through 82 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 83 through 95 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 96 through 124 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 125 through 157 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 7 through 39 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 40 through 67 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 68 through 95 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 96 through 124 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 125 through 157 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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