PDB-2xjn: Crystal structure of Streptococcus suis Dpr with copper

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xjn

タイトル

Crystal structure of Streptococcus suis Dpr with copper

要素

DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IRON STORAGE / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Haikarainen, T. / Thanassoulas, A. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Haataja, S. / Papageorgiou, A.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and Thermodynamic Characterization of Metal Ion Binding in Streptococcus Suis Dpr.
著者: Haikarainen, T. / Thanassoulas, A. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Haataja, S. / Papageorgiou, A.C.

履歴

登録	2010年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xjn.cif.gz	751.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xjn.ent.gz	631.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xjn_validation.pdf.gz	538.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xjn_full_validation.pdf.gz	562.7 KB	表示
XML形式データ	2xjn_validation.xml.gz	78.9 KB	表示
CIF形式データ	2xjn_validation.cif.gz	111.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/2xjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/2xjn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xjmC 2xjoC 2xkqC 1umn 2bw1 2cf7 2ux1 2v15 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xjo-d 2cf7-d 2iy4-1 6sev-1 2iy4-2 1ji5-1 6hx2-1 1qgh-d 3ta8-1 2bk6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

B: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

C: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

D: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

E: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

F: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

G: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

H: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

I: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

J: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

K: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

L: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

ヘテロ分子

226 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.840, 137.710, 142.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN / DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN 分子量: 18641.014 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 8-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P0CB53, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する

-
非ポリマー , 5種, 1283分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 詳細: 30 - 35 % (V/V) PEG 400, 0.2 M CACL2, 0.1 M HEPES-NAOH (PH 7.4)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.38047
検出器	タイプ: MARRESEARCH MARMOSAIC / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月10日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSSING
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111), HORIZONTALLY FOCUSSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.38047 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 118636 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 35.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0078	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: FRIEDEL_LAW=FALSE WAS USED DURING DATA PROCESSING, AND A TOTAL OF 1225754 REFLECTIONS WERE PROCESSED.

解像度: 2.1→24.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 9.698 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21101	5932	5 %	RANDOM
R_work	0.1597	-	-	-
obs	0.16225	112702	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.542 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14471	0	82	1257	15810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	15084
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	1.951	20424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.695	5	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.474	25.196	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.408	15	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.365	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.568	1.5	9122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.029	2	14650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.069	3	5962
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.123	4.5	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	384	-
R_work	0.19	7298	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8444	0.43	-0.0675	3.1192	1.0226	1.7797	0.0184	-0.1076	-0.1121	0.0811	-0.0473	0.0603	0.1217	0.0701	0.0289	0.1814	0.0128	-0.0442	0.1426	0.081	0.1079	13.6976	120.4811	25.9993
2	4.0261	6.3811	4.3971	20.9853	11.8462	8.2777	0.0523	-0.0584	-0.1789	-0.108	-0.1864	0.2659	-0.0371	-0.4388	0.1341	0.1578	0.0378	-0.0186	0.0957	0.079	0.1519	12.3444	120.174	17.5145
3	0.7888	-0.1123	0.0033	2.2035	1.7346	3.2925	0.0707	-0.1403	-0.274	0.3829	0.0614	-0.1023	0.5252	0.0939	-0.1321	0.2777	-0.0015	-0.0376	0.1074	0.0932	0.2211	9.9346	107.5696	23.3106
4	7.8473	-4.622	-4.6875	2.7261	2.8791	6.4346	-0.1221	-0.3134	-0.0701	0.568	-0.0822	0.0667	0.33	-0.0079	0.2044	0.2855	-0.0343	-0.072	0.2074	0.0552	0.0987	19.543	126.3441	36.2871
5	1.1415	1.1242	0.778	3.8637	2.2022	2.6688	0.042	-0.0238	-0.2908	-0.0288	-0.0287	-0.3307	0.2212	0.1865	-0.0134	0.1689	0.0726	-0.0315	0.1186	0.0742	0.183	24.5756	115.3084	17.6253
6	9.8904	-1.4335	12.4723	72.656	22.3842	23.8065	-0.0872	0.6056	0.087	-2.8737	-0.629	1.613	-1.3245	-0.5637	0.7162	0.3188	0.0106	-0.0999	0.4703	0.0312	0.0952	-6.0361	150.2142	-37.8553
7	0.5206	-0.2647	-0.5467	1.9917	1.6874	3.752	-0.008	0.0567	0.0249	-0.0295	0.0079	0.0052	0.0171	-0.0339	0.0001	0.027	0.0042	-0.0315	0.1321	0.0417	0.126	-4.479	160.0539	-14.316
8	1.3097	-1.6109	-1.3575	3.1961	2.0587	2.3131	0.0301	0.1943	0.1537	-0.3216	-0.0271	0.1085	-0.2478	-0.1243	-0.0029	0.0936	0.0034	-0.0588	0.1882	0.0388	0.1082	-2.6004	160.807	-24.1256
9	2.3862	-1.7865	-1.6867	5.2283	4.3445	5.7012	0.0188	0.3538	-0.029	-0.4415	-0.0902	0.2893	-0.0464	-0.3249	0.0715	0.0516	-0.0107	-0.0856	0.2002	0.0348	0.1436	-12.6544	150.5472	-25.0786
10	9.1251	1.451	2.1261	8.4352	4.1277	3.8353	0.0657	0.1598	0.1688	-0.2077	0.0406	0.4034	-0.2874	-0.1027	-0.1063	0.0194	0.0131	-0.0213	0.1122	0.0554	0.1954	-21.3581	158.1121	-12.0715
11	10.1218	-5.2575	-4.7801	22.2433	-1.0436	22.6513	0.2839	-0.9784	0.6746	1.1907	0.3184	0.9157	-0.0185	-0.203	-0.6024	0.2935	-0.0504	0.1077	0.2744	0.0875	0.2222	-5.681	125.8525	39.4902
12	0.3574	0.0293	0.2449	1.4516	1.0554	2.6587	0.0307	-0.0412	-0.1272	-0.0437	0.0629	0.1125	0.0699	0.0044	-0.0936	0.2148	-0.0502	0.012	0.125	0.0735	0.2235	-3.0102	114.8064	17.6175
13	0.243	0.4089	0.5976	3.4032	1.886	2.8312	0.0336	-0.1282	-0.2078	0.4383	-0.0316	0.3305	0.3739	-0.2062	-0.002	0.2597	-0.0571	0.0409	0.1819	0.0939	0.2129	-1.1014	115.0529	29.0102
14	0.9859	0.5105	0.532	8.4034	6.0205	6.608	0.0337	-0.3049	-0.1386	0.668	0.0029	0.3354	0.3726	-0.3744	-0.0366	0.2101	-0.0371	0.0776	0.2539	0.1135	0.2055	-12.1384	122.641	29.8856
15	2.1102	3.101	3.4563	5.2654	4.4734	6.179	0.0572	-0.2521	-0.205	0.1247	0.1141	0.1227	0.2286	-0.4067	-0.1714	0.1441	-0.0691	0.0296	0.2175	0.1154	0.2936	-17.3371	119.6155	18.1149
16	3.2506	-0.4344	1.2205	9.8555	5.3341	7.8789	-0.0584	0.1035	0.4084	-0.0287	-0.0478	-0.1425	-0.3648	0.0511	0.1062	0.0514	-0.0209	0.019	0.0959	0.0817	0.1377	11.8007	170.6451	-14.1674
17	1.9215	-1.4789	-0.858	4.8739	0.663	1.614	0.0808	0.0969	-0.0223	-0.1938	-0.0724	0.036	0.1711	0.0075	-0.0084	0.1016	-0.0102	0.0114	0.1945	0.0026	0.0253	13.3432	148.4354	-26.5629
18	1.9053	-4.7491	-2.6675	12.2359	6.2713	4.0925	-0.0774	0.015	0.0274	0.0763	-0.044	0.3388	0.1266	-0.0299	0.1214	0.0616	-0.0444	-0.0073	0.1554	0.0344	0.115	11.8796	155.4059	-14.052
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	107 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	118 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	22 - 27
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	28 - 73
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	74 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	116 - 159
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	160 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	24 - 29
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	30 - 73
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	74 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	114 - 148
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	149 - 172
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	22 - 40
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	41 - 57
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	58 - 78
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	79 - 145
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	146 - 172
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	22 - 27
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	28 - 73
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	74 - 114
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	115 - 138
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	139 - 172
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	22 - 36
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	37 - 62
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	63 - 75
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	76 - 114
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	115 - 172
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	22 - 28
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	29 - 61
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	62 - 78
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	79 - 116
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	117 - 172
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	22 - 34
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	35 - 77
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	78 - 114
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	115 - 159
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	160 - 172
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	22 - 40
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	41 - 62
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	63 - 72
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	73 - 114
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	115 - 172
46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	22 - 29
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	30 - 76
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	77 - 112
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	113 - 124
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	125 - 172
51	X-RAY DIFFRACTION	51	K	21 - 37
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	K	74 - 114
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	L	22 - 36
57	X-RAY DIFFRACTION	57	L	37 - 59
58	X-RAY DIFFRACTION	58	L	60 - 73
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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