PDB-2xjm: Crystal structure of Streptococcus suis Dpr with cobalt

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xjm

タイトル

Crystal structure of Streptococcus suis Dpr with cobalt

要素

DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IRON STORAGE / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Haikarainen, T. / Thanassoulas, A. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Haataja, S. / Papageorgiou, A.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and Thermodynamic Characterization of Metal Ion Binding in Streptococcus Suis Dpr.
著者: Haikarainen, T. / Thanassoulas, A. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Haataja, S. / Papageorgiou, A.C.

履歴

登録	2010年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xjm.cif.gz	732.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xjm.ent.gz	615 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xjm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xjm_validation.pdf.gz	534.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xjm_full_validation.pdf.gz	557.7 KB	表示
XML形式データ	2xjm_validation.xml.gz	72.6 KB	表示
CIF形式データ	2xjm_validation.cif.gz	101.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/2xjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/2xjm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xjnC 2xjoC 2xkqC 1umn 2bw1 2cf7 2ux1 2v15 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cf7-d 2xjo-d 6hvq-1 2xkq-d 2xjn-d 2iy4-2 6sev-1 1qgh-d 2bkc-1 2bk6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

B: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

C: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

D: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

E: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

F: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

G: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

H: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

I: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

J: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

K: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

L: DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

ヘテロ分子

226 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.960, 137.420, 141.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN / DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN 分子量: 18641.014 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 8-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P0CB53, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する

-
非ポリマー , 5種, 829分子

#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % 解説: FRIEDEL_LAW=FALSE WAS USED DURING DATA PROCESSING, AND A TOTAL OF 169544 REFLECTIONS WERE COLLECTED.
結晶化	pH: 7.4 詳細: 30 - 35 % (V/V) PEG 400, 0.2 M CACL2, 0.1 M HEPES-NAOH (PH 7.4)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.60846
検出器	タイプ: MARRESEARCH MARMOSAIC / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月10日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSSING
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111), HORIZONTALLY FOCUSSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.60846 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 88486 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 43.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / % possible all: 76.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0078	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→24.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 14.448 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2403	4425	5 %	RANDOM
R_work	0.17671	-	-	-
obs	0.17986	84061	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.295 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14438	0	83	802	15323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	14955
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.289	1.95	20242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.005	5	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.628	25.087	745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.857	15	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.06	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.57	1.5	9080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.133	2	14558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.155	3	5875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.441	4.5	5684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	257	-
R_work	0.2	4871	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4134	-1.545	-0.8199	4.2919	1.9495	5.004	0.0168	0.2091	-0.3655	0.1529	-0.182	0.0112	0.4143	0.0476	0.1652	0.2552	0.0417	-0.0371	0.1547	0.0872	0.2567	13.655	106.511	19.7433
2	0.1167	0.2301	-0.0407	0.746	0.6372	1.7737	0.0354	-0.11	0.0043	0.1067	-0.0447	0.0659	0.053	0.0367	0.0093	0.2295	0.0336	-0.04	0.1779	0.0559	0.1411	12.9663	127.9766	28.4327
3	1.0329	0.3611	-0.1096	1.1698	0.5095	1.2488	0.0299	-0.1436	-0.2067	0.2092	-0.0314	-0.0047	0.1576	-0.0368	0.0014	0.2453	0.0595	-0.0454	0.132	0.0789	0.2102	13.9333	113.7453	24.967
4	3.7198	-0.324	2.2369	2.5317	2.5864	5.596	0.082	0.0101	-0.5707	0.1345	-0.0774	-0.1824	0.465	0.3025	-0.0047	0.2721	0.0916	-0.0304	0.1263	0.0312	0.2963	22.2818	105.0624	10.4315
5	0.4601	0.9627	0.6515	2.0147	1.3843	1.5932	-0.0353	-0.0281	-0.1813	0.0789	0.0301	-0.2325	0.0456	0.2896	0.0052	0.1884	0.0672	-0.0535	0.1671	0.0502	0.1977	26.5829	121.808	20.1451
6	2.7985	3.5861	2.7459	12.7313	0.9007	8.1437	0.0917	0.3568	0.1485	-0.4857	-0.0592	0.7173	-0.245	-0.4868	-0.0325	0.2769	-0.0044	-0.001	0.314	0.0105	0.2434	-6.1122	149.8765	-38.0122
7	0.429	-0.1432	-0.3058	0.8689	0.6012	2.0742	0.0152	0.0924	0.0242	-0.0561	0.0252	-0.0184	0.0597	0.0413	-0.0404	0.1235	-0.005	-0.0177	0.1885	0.0305	0.1707	-4.2556	158.8707	-15.2505
8	0.8748	-0.5096	-0.3209	1.2192	0.7564	1.226	0.0458	0.2722	0.148	-0.2613	-0.0652	0.0458	-0.1866	-0.0838	0.0193	0.1384	-0.0159	-0.0201	0.2296	0.0697	0.1205	-1.8835	161.2979	-25.4068
9	2.0153	-0.2758	0.5655	2.9442	4.1574	6.3291	-0.0583	0.2654	0.2633	-0.354	0.1291	-0.1236	-0.3458	0.2153	-0.0709	0.1475	0.018	-0.0188	0.1851	0.0442	0.2075	-13.7412	163.3948	-16.842
10	1.5125	-0.8394	-1.215	2.0471	1.0695	1.9758	0.0318	0.3199	-0.1049	-0.3049	-0.111	0.1892	-0.0382	-0.1702	0.0792	0.1229	-0.0076	-0.0636	0.1956	0.0254	0.1556	-14.8945	150.2947	-23.0014
11	1.0099	0.2866	0.4515	1.5224	0.7293	2.0822	0.0189	-0.0597	-0.1476	0.1036	0.0732	0.0932	-0.0082	0.1043	-0.092	0.2189	0.0061	0.0214	0.1382	0.0772	0.211	-3.6541	116.242	20.4515
12	0.5316	0.1196	0.3079	1.9556	0.9845	1.295	0.003	-0.1154	-0.2299	0.2632	0.0401	0.1289	0.26	-0.0216	-0.0431	0.2769	0.0034	0.0274	0.1613	0.1142	0.1906	-0.8809	114.5362	30.1003
13	4.6003	0.8777	-0.5732	8.4668	6.4723	6.4575	-0.1965	0.0881	-0.4051	0.2205	0.1561	0.2918	0.4437	-0.0752	0.0404	0.2679	-0.0212	0.0071	0.1988	0.075	0.28	-12.2234	109.3526	18.6625
14	0.9401	-0.1555	0.449	6.8539	4.5527	3.883	0.1766	-0.4076	0.074	0.6672	-0.0493	0.1108	-0.0355	-0.3593	-0.1273	0.325	-0.0191	0.1261	0.2301	0.1146	0.1571	-14.0225	124.683	34.1563
15	1.5957	1.6317	2.1562	1.9165	2.0271	3.5764	0.0395	-0.2162	-0.0996	0.1045	-0.0326	0.2607	0.0712	-0.265	-0.0069	0.2055	-0.0031	0.063	0.1741	0.0885	0.2392	-16.0594	122.2196	21.2298
16	4.0377	-1.7199	2.186	0.9703	0.1548	6.1454	-0.0435	-0.5614	0.7744	0.6167	-0.0485	-0.0592	-0.8598	0.0001	0.0919	0.2647	-0.0232	-0.0107	0.1999	0.021	0.2898	12.8867	179.3141	-6.7751
17	0.2611	-0.4891	-0.1334	2.5582	0.9388	0.9758	0.0139	0.1383	0.0214	-0.0308	-0.0865	0.0288	0.0631	0.001	0.0726	0.1078	-0.0239	0.0103	0.1951	0.0258	0.1263	12.518	154.7876	-19.6741
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58	1.8042	-1.6506	1.5033	8.8106	-5.5646	3.6565	-0.1182	-0.0253	0.008	0.0909	-0.0652	-0.1437	-0.0904	-0.0052	0.1834	0.1747	-0.02	-0.0251	0.2026	-0.0107	0.2139	-18.4138	131.4944	-4.3372
59	0.5006	-0.1458	-0.0705	0.8221	-0.1683	0.7819	-0.0147	0.0146	-0.138	0.0142	0.0961	0.3154	0.1408	-0.2819	-0.0813	0.0972	-0.065	-0.0454	0.1646	0.0024	0.2524	-29.3024	130.5899	-8.334
60	1.3533	-0.8412	0.1669	5.4868	-1.7997	1.3603	0.0142	0.1293	-0.1221	-0.3204	0.0033	0.0422	0.2426	-0.1065	-0.0175	0.1458	-0.0639	-0.0459	0.1892	-0.0485	0.1849	-19.7043	126.7677	-16.985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	129 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	148 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	22 - 27
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	28 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	78 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	113 - 123
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	124 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	23 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	76 - 111
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	112 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	123 - 141
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	142 - 172
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	21 - 26
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	27 - 75
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	76 - 112
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	113 - 141
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	142 - 172
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	24 - 50
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	51 - 75
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	76 - 114
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	115 - 144
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	145 - 172
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	22 - 27
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	28 - 59
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	60 - 75
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	76 - 108
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	109 - 172
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	23 - 54
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	55 - 79
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	80 - 112
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	113 - 138
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	139 - 172
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	22 - 37
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	38 - 64
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	65 - 115
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	116 - 141
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	142 - 172
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	22 - 42
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	43 - 70
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	71 - 110
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	111 - 138
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	139 - 172
46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	21 - 28
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	29 - 62
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	63 - 72
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	73 - 111
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	112 - 172
51	X-RAY DIFFRACTION	51	K	21 - 37
52	X-RAY DIFFRACTION	52	K	38 - 59
53	X-RAY DIFFRACTION	53	K	60 - 76
54	X-RAY DIFFRACTION	54	K	77 - 113
55	X-RAY DIFFRACTION	55	K	114 - 172
56	X-RAY DIFFRACTION	56	L	21 - 37
57	X-RAY DIFFRACTION	57	L	38 - 59
58	X-RAY DIFFRACTION	58	L	60 - 75
59	X-RAY DIFFRACTION	59	L	76 - 135
60	X-RAY DIFFRACTION	60	L	136 - 172

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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