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- PDB-2xiw: Crystal structure of the Sac7d-derived IgG1-binder C3-C24S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xiw
タイトルCrystal structure of the Sac7d-derived IgG1-binder C3-C24S
要素DNA-BINDING PROTEIN 7D
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein 7d
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Bellinzoni, M. / Colinet, S. / Behar, G. / Alzari, P.M. / Pecorari, F.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2013
タイトル: Tolerance of the Archaeal Sac7D Scaffold Protein to Alternative Library Designs: Characterization of Anti-Immunoglobulin G Affitins.
著者: Behar, G. / Bellinzoni, M. / Maillasson, M. / Paillard-Laurance, L. / Alzari, P.M. / He, X. / Mouratou, B. / Pecorari, F.
履歴
登録2010年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Database references / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22013年4月10日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-BINDING PROTEIN 7D
B: DNA-BINDING PROTEIN 7D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5645
ポリマ－18,3362
非ポリマー2283
水3,279182
1
A: DNA-BINDING PROTEIN 7D
B: DNA-BINDING PROTEIN 7D
ヘテロ分子

A: DNA-BINDING PROTEIN 7D
B: DNA-BINDING PROTEIN 7D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,12710
ポリマ－36,6724
非ポリマー4556
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area5630 Å2
ΔGint-64.8 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.175, 73.175, 57.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1070-

CL

21B-2073-

HOH

31B-2082-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.71044, 0.63121, 0.31122), (0.70376, 0.63561, 0.31737), (0.00251, 0.4445, -0.89578)
ベクター: -64.04092, 31.93723, -0.12374)

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要素

#1: タンパク質 DNA-BINDING PROTEIN 7D / NANOFITIN C3-C24S / 7 KDA DNA-BINDING PROTEIN D / SAC7D


分子量: 9168.037 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / Variant (発現宿主): IQ / 参照: UniProt: P13123
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINAL STRETCH MRGSHHHHHHGS IS A CLONING ARTIFACT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 3.5 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月19日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT MONOCHROMATOR CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→31.7 Å / Num. obs: 28098 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 17.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX-AUTOSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→18.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9576 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9524 / SU R Cruickshank DPI: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Blow DPI: 0.065 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.062
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=1314. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=1314. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1408 5.01 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.176 28081 97.56 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5256 Å20 Å20 Å2
2---0.5256 Å20 Å2
3---1.0512 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.182 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1042 0 11 182 1235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011153HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.131561HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d476SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes46HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes173HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1153HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion140SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies15HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1491SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.56 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 142 5.01 %
Rwork0.1936 2695 -
all0.1946 2837 -
obs--97.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04140.87320.02722.09340.11262.26240.0840.01510.07660.1123-0.02390.2130.1122-0.1207-0.06010.0873-0.00440.02970.0266-0.00770.0421-40.17656.55959.2073
21.0245-0.25240.07041.85890.50931.02390.07070.01490.06240.0018-0.0248-0.0017-0.03150.1188-0.0460.0495-0.00960.01770.01580.00150.0203-28.637210.2026-6.6155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 2:65
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 2:68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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