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- PDB-2xit: Crystal structure of monomeric MipZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xit
タイトルCrystal structure of monomeric MipZ
要素MIPZ
キーワードREPLICATION / ATPASE / CELL DIVISION / PROTEIN LOCALIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase MipZ / ATPase MipZ / : / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Division plane positioning ATPase MipZ / Division plane positioning ATPase MipZ
類似検索 - 構成要素
生物種CAULOBACTER CRESCENTUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kiekebusch, D. / Michie, K.A. / Essen, L.O. / Lowe, J. / Thanbichler, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Localized Dimerization and Nucleoid Binding Drive Gradient Formation by the Bacterial Cell Division Inhibitor Mipz.
著者: Kiekebusch, D. / Michie, K.A. / Essen, L.O. / Lowe, J. / Thanbichler, M.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references / Other / Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Other
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIPZ
B: MIPZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2052
ポリマ－65,2052
非ポリマー00
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-7.4 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.670, 124.670, 239.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2063-

HOH

21B-2167-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEUAA4 - 594 - 59
21THRTHRLEULEUBB4 - 594 - 59
12PROPROILEILEAA67 - 10967 - 109
22PROPROILEILEBB67 - 10967 - 109
13ALAALAGLYGLYAA117 - 144117 - 144
23ALAALAGLYGLYBB117 - 144117 - 144
14LYSLYSTYRTYRAA155 - 269155 - 269
24LYSLYSTYRTYRBB155 - 269155 - 269

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要素

#1: タンパク質 MIPZ / DIVISION PLANE POSITIONING ATPASE MIPZ


分子量: 32602.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAULOBACTER CRESCENTUS (バクテリア)
株: CB15N / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: B8GY04, UniProt: A0A0H3CA70*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG CONNECTED VIA LINKER SEQUENCE AVDKLAAAL TO MIPZ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月8日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.2 Å / Num. obs: 66140 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→49.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.244 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PARTS OF THE LINKER REGION BETWEEN MIPZ AND HEXAHISTIDINE TAG (A279-L287) ARE DEFINED BY ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 1215 1.8 %SHELLED FLAGS
Rwork0.18445 ---
obs0.18524 65042 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.153 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20.36 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4266 0 0 420 4686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224351
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9745897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90837270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2375557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32122.474194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29715745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8411552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02916
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6881.52764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1881.51125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26824417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0431587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2674.51476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1417medium positional0.240.5
2B1417medium positional0.240.5
1A1777loose positional0.645
2B1777loose positional0.645
1A1417medium thermal0.932
2B1417medium thermal0.932
1A1777loose thermal0.8810
2B1777loose thermal0.8810
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 81 -
Rwork0.254 4781 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97670.2020.88451.02680.13912.07080.07370.0175-0.03960.04160.0124-0.07660.24750.0241-0.08620.10710.0019-0.01140.0733-0.00310.077224.202218.355778.1079
20.85850.1543-0.29841.77640.34281.03620.0064-0.04150.00290.07960.00470.034-0.05820.0146-0.0110.0135-0.0074-0.00760.06010.00610.041437.696441.335341.5063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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