PDB-2xiq: Crystal structure of human methylmalonyl-CoA mutase in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xiq

タイトル

Crystal structure of human methylmalonyl-CoA mutase in complex with adenosylcobalamin and malonyl-CoA

要素

METHYLMALONYL-COA MUTASE, MITOCHONDRIAL

キーワード

ISOMERASE / ORGANIC ACIDURIA / METABOLIC DISEASE / VITAMIN B12

機能・相同性

機能・相同性情報

succinyl-CoA biosynthetic process / Defective MMAA causes MMA, cblA type / Defective MUT causes MMAM / propionate metabolic process, methylmalonyl pathway / methylmalonyl-CoA mutase / Propionyl-CoA catabolism / Cobalamin (Cbl) metabolism / methylmalonyl-CoA mutase activity / modified amino acid binding / homocysteine metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Yue, W.W. / Froese, D.S. / Kochan, G. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Muniz, J. / Ugochukwu, E. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structures of the Human Gtpase Mmaa and Vitamin B12-Dependent Methylmalonyl-Coa Mutase and Insight Into Their Complex Formation.
著者: Froese, D.S. / Kochan, G. / Muniz, J. / Wu, X. / Gileadi, C. / Ugochukwu, E. / Krysztofinska, E. / Gravel, R.A. / Oppermann, U. / Yue, W.W.

履歴

登録	2010年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月31日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Advisory / Derived calculations / Other カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_database_status ...database_PDB_caveat / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xiq.cif.gz	590.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xiq.ent.gz	486.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xiq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xiq_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xiq_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	2xiq_validation.xml.gz	64.5 KB	表示
CIF形式データ	2xiq_validation.cif.gz	95.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/2xiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/2xiq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wwwC 2xijC 3bicSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xij-d 6m5w-d 4oc1-d 1p5h-d 2vjo-d 2or4-d 3bhx-d 6skh-d 2oot-d 6sgp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: METHYLMALONYL-COA MUTASE, MITOCHONDRIAL

B: METHYLMALONYL-COA MUTASE, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

175 kDa, 2 ポリマー
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1

A: METHYLMALONYL-COA MUTASE, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: METHYLMALONYL-COA MUTASE, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87.3 kDa, 1 ポリマー
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3

A: METHYLMALONYL-COA MUTASE, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

B: METHYLMALONYL-COA MUTASE, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.650, 143.620, 163.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	METHYLMALONYL-COA MUTASE, MITOCHONDRIAL / MCM / METHYLMALONYL-COA ISOMERASE 分子量: 84835.820 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 12-750 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P22033, methylmalonyl-CoA mutase
#2: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P
#3: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃
#4: 化合物	ChemComp-MLC / MALONYL-COENZYME A / マロニルCoA 分子量: 853.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₈N₇O₁₉P₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.3 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.1 M NH4-SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9824
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月9日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9824 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→53.91 Å / Num. obs: 129983 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BIC

3bic

解像度: 1.95→107.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 6.371 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2009	6447	5 %	RANDOM
R_work	0.16106	-	-	-
obs	0.16306	122461	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→107.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11009	0	326	1106	12441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	11654
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	2.007	15853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.003	5	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.445	24.194	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.98	15	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.005	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8743
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	405	-
R_work	0.311	8628	-
obs	-	-	94.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4154	-0.135	0.4497	5.0554	0.7604	1.9735	-0.0885	0.1428	-0.0935	-0.3651	0.1818	-0.7948	-0.074	0.4448	-0.0933	0.175	-0.0733	0.0838	0.1923	0.0038	0.1583	42.541	71.848	129.634
2	0.7038	-0.0709	0.414	1.1168	-0.1341	1.236	-0.0673	0.0328	0.1131	-0.0662	0.0389	-0.0403	-0.4817	0.0223	0.0284	0.349	-0.0135	0.0114	0.0632	0.0281	0.0304	22.325	91.506	125.917
3	2.4215	-3.9626	-0.5344	9.4889	-0.4801	2.2005	-0.3887	-0.0703	-0.2695	0.5413	0.39	0.7365	-0.1444	-0.4328	-0.0014	0.2097	0.054	-0.0255	0.2603	0.0542	0.0911	5.107	77.452	122.93
4	2.7792	-0.7804	-0.5222	2.562	-0.2013	3.764	-0.1134	-0.1067	0.4434	-0.3367	-0.0383	0.2883	-0.8506	-0.2779	0.1517	0.8794	0.1222	-0.0992	0.1568	0.0225	0.2183	9.711	112.897	116.211
5	7.7582	0.3356	2.8064	2.1891	0.7311	6.0877	-0.1167	-0.0292	-0.4978	0.1187	0.1411	0.1997	0.0306	-0.1668	-0.0244	0.1522	-0.0042	0.0208	0.1122	0.0313	0.0599	12.669	66.797	97.62
6	1.5953	-0.8942	0.391	1.5694	-0.3852	2.4433	-0.0477	-0.008	-0.0815	0.113	0.0924	0.204	-0.1175	-0.357	-0.0447	0.1926	0.0355	0.005	0.1543	0.0581	0.0498	1.473	78.118	105.95
7	1.2477	-0.3054	-0.0953	4.417	-0.9083	2.7329	-0.0697	-0.0429	-0.2172	0.1638	0.1383	0.6701	0.5277	-0.411	-0.0686	0.1542	-0.0729	0.0355	0.1662	0.0045	0.1304	-4.438	68.282	63.5
8	0.6895	0.2622	0.0509	1.1086	0.0723	0.9918	0.0221	-0.0083	0.0878	0.0762	0.0172	0.0925	-0.0354	-0.0266	-0.0394	0.0457	-0.0022	0.0136	0.0557	0.013	0.0203	13.11	89.565	67.565
9	1.7216	1.1578	-0.2775	24.7237	3.4016	0.8502	0.0343	0.0756	-0.0299	-0.514	0.0197	-0.6848	-0.0746	0.0939	-0.054	0.1823	-0.0546	-0.0441	0.3185	0.0173	0.1033	38.199	94.048	68.419
10	2.029	1.8036	-1.0722	3.2294	-1.1563	3.4245	0.0503	-0.2409	0.3524	0.5115	-0.291	0.0473	-0.3241	0.0717	0.2408	0.2915	-0.0352	-0.0335	0.0714	-0.0403	0.1932	20.672	113.715	77.614
11	6.96	1.721	3.1477	2.6961	-0.0916	6.0581	0.1486	-0.1116	-0.3429	0.0067	0.1062	-0.306	0.2642	0.2142	-0.2547	0.1592	0.0258	0.0096	0.1356	0.0084	0.0568	25.749	67.725	95.651
12	0.598	0.4707	0.0197	1.7529	-0.878	1.6893	0.0382	-0.0853	-0.0567	0.1987	-0.0785	-0.3465	-0.0502	0.4212	0.0403	0.1242	-0.0128	-0.0464	0.236	-0.0196	0.105	35.218	80.649	87.368

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	104 - 477
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	478 - 518
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	519 - 579
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	580 - 616
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	617 - 747
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	36 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	104 - 494
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	495 - 522
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	523 - 579
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	580 - 616
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	617 - 747

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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