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- PDB-2xi3: HCV-H77 NS5B Polymerase Complexed With GTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xi3
タイトルHCV-H77 NS5B Polymerase Complexed With GTP
要素RNA-directed RNA polymerase
キーワードTRANSFERASE / NONSTRUCTURAL PROTEIN / REPLICATION / RDRP / DE NOVO PRIMING / HEPACIVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily ...Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Viral RNA dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Harrus, D. / Ahmed-El-Sayed, N. / Simister, P.C. / Miller, S. / Triconnet, M. / Hagedorn, C.H. / Mahias, K. / Rey, F.A. / Astier-Gin, T. / Bressanelli, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Further Insights Into the Roles of GTP and the C- Terminus of the Hepatitis C Virus Polymerase in the Initiation of RNA Synthesis
著者: Harrus, D. / Ahmed-El-Sayed, N. / Simister, P.C. / Miller, S. / Triconnet, M. / Hagedorn, C.H. / Mahias, K. / Rey, F.A. / Astier-Gin, T. / Bressanelli, S.
履歴
登録2010年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月27日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,31012
ポリマ－127,5722
非ポリマー2,73710
水14,268792
1
A: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4297
ポリマ－63,7861
非ポリマー1,6426
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8815
ポリマ－63,7861
非ポリマー1,0954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.010, 91.898, 61.054
Angle α, β, γ (deg.)89.62, 99.74, 92.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 1:562 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 1:562 )

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9936, -0.1133, 0.0021), (-0.1133, 0.9935, -0.0125), (-0.0007, -0.0127, -0.9999)
ベクター: 58.5691, -39.655, 6.4356)

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / NS5B / p68


分子量: 63786.152 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 2421-2990 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus (isolate H77) (C型肝炎ウイルス)
株: H77 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27958, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 539 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 539 TO HIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: MES 50MM PH 6.5, AMMONIUM SULFATE 0.2M, AMMONIUM ACETATE 0.25M, PEG 1000 25%-30%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0448
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2003年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0448 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 121329 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QUV

1quv


解像度: 1.7→34.654 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.46 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 563-569 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1976 6067 5 %
Rwork0.1698 --
obs0.1712 121329 95.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.563 Å2 / ksol: 0.413 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.244 Å2-3.4901 Å2-0.8457 Å2
2---0.85 Å2-1.1523 Å2
3----3.394 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8694 0 165 792 9651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019117
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03412424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.453360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051554
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4351X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B4351X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.76090.24815610.220711379X-RAY DIFFRACTION94
1.7609-1.83140.22755910.190311408X-RAY DIFFRACTION94
1.8314-1.91470.22036190.17411440X-RAY DIFFRACTION94
1.9147-2.01570.21245880.163511451X-RAY DIFFRACTION95
2.0157-2.14190.18896110.153211505X-RAY DIFFRACTION95
2.1419-2.30730.20026340.157611560X-RAY DIFFRACTION96
2.3073-2.53940.19135670.158511695X-RAY DIFFRACTION96
2.5394-2.90670.20816230.173411626X-RAY DIFFRACTION96
2.9067-3.66150.19266160.167711660X-RAY DIFFRACTION97
3.6615-34.66130.16646570.154311538X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14790.0542-0.01140.14470.09920.6719-0.0084-0.0162-0.0086-0.0160.01870.00450.11640.0395-0.00350.09040.02310.00070.0590.00490.093916.99770.19116.6925
20.2043-0.02380.01450.02410.03770.8442-0.00740.02540.0017-0.0014-0.0137-0.0125-0.0235-0.05910.0190.06710.00590.00490.06790.00160.088936.824244.1721-10.8143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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